Vous retrouverez cette lettre ainsi que les précédentes sur le site de MODCOV19.

Éditorial

Vous trouverez dans cette lettre des informations sur les activités de MODCOV19 : les programmes des trois prochains groupes de travail ; les derniers articles mis en ligne dans le cadre de la veille bibliographique ; un point sur les données disponibles ; enfin, une mise à jour d’une synthèse visant à mettre en avant les points communs et différences entre les modèles de propagation d’épidémie utilisés dans les (pré)publications signalées à MODCOV19 afin de faire émerger des discussions entre les membres de la plateforme MODCOV19 intéressés.

Parmi les annonces transmises par les membres de MODCOV19 figure notamment une offre de postdoc pour l’analyse statistique et la modélisation de données épidémiologiques à l’Agence Régionale de Santé de Mayotte.

Continuez à nous informer de vos (pré)publications et travaux ! Au-delà du partage avec les autres membres de la plateforme, la coordination de MODCOV19 poursuit son travail de cartographie et de remontée des projets auprès des comités scientifiques en charge de la gestion de la crise sanitaire – et nous avons besoin de votre aide ! Les détails de la procédure, et les travaux signalés sont disponibles sur la page https://modcov19.math.cnrs.fr/prepublications/.

Prochaines séances du Groupe de Travail

Les prochaines séances du groupe de travail auront lieu le 15 décembre 2020, puis les 5 et 19 janvier 2021, à 14h. Leurs thèmes seront :

  • mardi 15 décembre 2020, 14h : Aide à la décision organisationnelle (détails),
  • mardi 05 janvier 2021, 14h : Immunité et vaccination, modèles épidémiologiques (détails),
  • mardi 19 janvier 2021, 14h : Traçage de contacts (détails).

Veille bibliographique

Désormais 53 fiches bibliographiques sont disponibles sur le site de MODCOV19. Notez qu’elles sont maintenant accessibles par tou·te·s.

Nous remercions chaleureusement celles et ceux qui ont participé à la rédaction de fiches. Ne relâchons toutefois par notre effort collectif – nous avons toujours besoin de votre aide pour continuer ce travail. Les bonnes volontés trouveront les instructions sur cette page.

Fiches réalisées dernièrement :

  • Barlow, M. T., Marshall, N. D., & Tyson, R. C. (2020). Optimal shutdown strategies for Covid-19 with economic and mortality costs: BC as a case study. medRxiv. (lien)

  • Buckner, J. H., Chowell, G., & Springborn, M. R. (2020). Dynamic prioritization of Covid-19 vaccines when social distancing is limited for essential workers. medRxiv. (lien)

  • Fatehi, F., Bingham, R. J., Dykeman, E. C., Stockley, P. G., & Twarock, R. (2020). Comparing antiviral strategies against Covid-19 via multi-scale within host modelling. arXiv preprint arXiv:2010.08957. (lien)

  • Sherratt, K., Abbott, S., Meakin, S., Hellewell, J., Munday, J. D., Bosse, N., … & CMMID Covid-19 working group. (2020). Evaluating the use of the reproduction number as an epidemiological tool, using spatio-temporal trends of the Covid-19 outbreak in England. medRxiv. (lien)

  • Chang, S., Pierson, E., Koh, P. W., Gerardin, J., Redbird, B., Grusky, D., & Leskovec, J. (2020). Mobility network models of Covid-19 explain inequities and inform reopening. Nature, 1-8. (lien)

  • Lemey, P., Hong, S. L., Hill, V., Baele, G., Poletto, C., Colizza, V., … & Nelson, M. I. (2020). Accommodating individual travel history and unsampled diversity in Bayesian phylogeographic inference of SARS-CoV-2. Nature communications, 11(1), 1-14. (lien)

  • McCombs, A., & Kadelka, C. (2020). A model-based evaluation of the efficacy of Covid-19 social distancing, testing and hospital triage policies. medRxiv. (lien)

  • Wong, F., & Collins, J. J. (2020). Evidence that coronavirus superspreading is fat-tailed. Proceedings of the National Academy of Sciences, 117(47), 29416-29418. (lien)

  • de Celles, M. D., Casalegno, J. S., Lina, B., & Opatowski, L. (2020). Influenza may facilitate the spread of SARS-CoV-2. medRxiv. (lien)

  • Pullano G., Di Domenico L., Sabbatini C, Colizza V. (2020) Expected impact of a lockdown with schools in session - France, Oct 2020. Report 19. (lien)

Données

Données en accès public

Nous recensons sur la page https://modcov19.math.cnrs.fr/publicdata/ des ressources diverses en lien avec l’épidémie de Covid-19, et notamment des données en accès public.

Deux nouvelles ressources sont désormais référencées sur la page dédiée du site MODCOV19 :

  • d’une part le volet Covid-19 du Portail Épidémiologie France (lien) ;
  • d’autre part le recensement visuel CovidPoops19 des évaluations de la prévalence locale de la Covid-19 par analyse des eaux usées, à l’échelle mondiale (lien).

Par ailleurs, une refonte de l’organisation de la page est en cours.

Autres données françaises

La DREES peut donner accès à la plateforme données du centre de crise sanitaire du ministère des solidarités et de la santé aux chercheurs et chercheuses qui en font la demande. Cette ressource est décrite sur https://modcov19.math.cnrs.fr/publicdata/#DREES.
La procédure à suivre pour accéder à cette ressource est décrite sur cette page, dans l’espace réservé aux membres de MODCOV19.

Synthèse des modèles de propagation d’épidémie

La synthèse des modèles de propagation d’épidémie utilisés dans les (pré)publications signalées à MODCOV19 a été mise à jour.
https://modcov19.math.cnrs.fr/prepublications/2020_12_06_Synthese_des_caracteristiques_des_modeles.pdf Ce document vise à mettre en avant les points communs et différences entre les modèles de propagation d’épidémie utilisés dans les (pré)publications signalées à MODCOV19, afin de faire émerger des discussions entre les membres de la plateforme MODCOV19 intéressés.

Annonces

Offre de post-doctorat à Mayotte (6 mois)

Offre de post-doc de 6 mois pour l’analyse statistique et la modélisation de données épidémiologiques à l’Agence Régionale de Santé de Mayotte, encadré par Julien Balicchi (ingénieur en statistiques et modélisation à l’ARS Mayotte) en collaboration avec le Centre Universitaire de Mayotte : https://www.place-emploi-public.gouv.fr/offre-emploi/post-doctorant-en-mathematiques-appliquees-aux-sciences-pour-l-analyse-et-la-modelisation-de-hf-reference-2020-512082

Un certain nombre de coquilles s’étant glissées dans la rédaction de l’offre, le profil recherché correspond à des compétences en mathématiques appliquées et modélisation (en particulier à l’interface maths-bio), préférentiellement avec des connaissances en épidémiologie.

Clôture des candidatures le 31/12/2020 pour une prise de fonction aussi tôt que possible en 2021.

Appel à projets “Modélisation du vivant”

Le CNRS, à travers la Mission pour les initiatives transverses et interdisciplinaires, lance un appel à projets dans le cadre du défi Modélisation du vivant. L’objectif de cet appel à projets est de soutenir des recherches interdisciplinaires et innovantes dans le domaine des approches prédictives et de la modélisation du vivant. Attention : il faut au moins deux partenaires de deux laboratoires CNRS dépendant d’instituts différents (ce qui n’empêche pas d’inclure des partenaires d’autres institutions). Date limite de dépôt des candidatures : jeudi 14 janvier 2021 à midi (heure de Paris).
L’ensemble des informations et modalités de candidature est disponible à l’adresse suivante : https://miti.cnrs.fr/appel-projet/modelisation-vivant-2019/.

Séance exceptionnelle Covid-19 de l’Académie des sciences

L’Académie des Sciences organise une troisième séance exceptionnelle Covid-19, sur la vaccination. Elle aura lieu le jeudi 17 décembre de 17h à 18h30.
La séance pourra être visionnée en direct sur la chaîne YouTube de l’Académie des sciences : https://youtu.be/lr9of35IBNA.
Programme et information sur le site Internet de l’Académie des sciences : https://www.academie-sciences.fr/fr/Seances-publiques/vaccination-covid-19-troisieme-seance-exceptionnelle.html

Vulgarisation scientifique

Alexei Tsygvintsev a décrit sur “Images des mathématiques” l’analyse d’un modèle intra-hôte décrivant la compétition entre une population de virus et le système immunitaire humain :
http://images.math.cnrs.fr/L-immunite-antivirale-la-guerre-invisible-a-la-loupe-des-mathematiciens.html

Transmettre des informations

Les propositions d’annonces pour cette lettre peuvent être transmises à l'adresse contact par un message dont l’objet contient [lettre]. Proposer n’implique pas être publié, être publié n’implique pas recevoir caution scientifique.