Ressources bibliographiques

Textes publiés sur Hal

Les textes relatifs à la Covid-19 publiés en libre accès sur la plateforme Hal sont disponibles.

Recherche rapide sur arXiv

arXiv a mis un place le 30 mars une recherche rapide sur les preprints concernant le covid19 avec liens externes vers medRxiv et bioRxiv.

Outil de visualisation des preprints disponibles

Interface de recherche et parcours du corpus de littérature scientifique concernant la pandémie de Covid-19.

https://covid19preprints.app

Ouvrages mis à disposition par Springer

L’éditeur Springer offre des ouvrages liés à la recherche sur Covid-19.

Swiss Medical Weekly

Le Swiss Medical Weekly (journal en accès libres sans redevance de publication) maintient une rubrique très active concernant Covid-19.

https://smw.ch/covid-19

CORD-19

Base de plus de 29 000 articles scientifiques, dont plus de 13 000 articles en texte intégral, sur covid-19, SARS-CoV-2 et les coronavirus apparentés.

Outil de veille bibliographique

Projet de veille et d’analyse bibliographique porté par des médecins du CHU de Grenoble. https://bibliovid.org

La veille bibliographique de MODCOV19

La plateforme MODCOV19 a mis en place une veille bibliographique concernant la modélisation de tous les aspects de l'épidémie de Covid-19. Le but est de proposer à ses membres un résumé commenté d’une sélection d’articles et de prépublications utiles pour la communauté de recherche en modélisation pour l'épidémie de Covid-19.

La veille bibliographique de l’Université de Washington

Le Department of Global Health de l’Université de Washington propose une lettre d’information quotidienne qui fournit un résumé succinct de publications scientifiques liées à la pandémie de COVID-19. Lien d’abonnement.

Une page de ressources du Centre Borelli

La page COVID-19 epidemic

Une page de ressources à l’IMT

Sur la page de Patrick Cattiaux

Séminaires dédiés

Groupe de travail MODCOV19

Afin de favoriser les échanges au sein de la plateforme MODCOV19, un groupe de travail récurrent se tient sur des thèmes qui varient d’une séance à l’autre.

Les informations de connexion sont disponibles dans la partie Membres » du site.

Les présentations des séances passées sont disponibles sur la partie publique du site.

NB. En cas de problème de connexion, contacter l’adresse de support

Infectious Dynamics of Pandemics: Mathematical and statistical challenges in understanding the dynamics of infectious disease pandemics

Un séminaire du Newton Institute https://www.newton.ac.uk/event/idp https://www.newton.ac.uk/event/idpw01/seminars Exposés passés : https://www.newton.ac.uk/event/idp/seminars

Séminaire du groupe de travail Covid-19 de l’Université Paris-Dauphine PSL

Le groupe de travail Covd-19 de l’université Paris-Dauphine PSL organise un séminaire multidisciplinaire de mathématiciennes et mathématiciens mais aussi médecins (Institut Curie), journalistes (directeur de l’IPJ), économistes (OCDE), etc. Certaines séances sont enregistrées et disponibles sur le site. Pour assister aux séances en direct, se rapprocher de Gabriel Turinici en mentionnant son affiliation académique.

Canada-China Distinguished Lectures series

Pour promouvoir l’application des mathématiques et de la modélisation mathématique dans la lutte contre Covid-19, le Center for Disease Modeling (CDM) et la Société chinoise de biologie mathématique (CSMB) ont lancé une série de conférences hebdomadaires « Mathématiques et Covid-19 ». L’objectif est d’étudier comment les mathématiques peuvent contribuer à la compréhension du SARS-CoV-2 pour éclairer la prise de décisions en matière de politiques de santé publique. Page internet

GdT Maths4covid19

Depuis le jeudi 12 mars 2020, un groupe de travail (virtuel) de mathématiciennes et mathématiciens appliqués s’est constitué pour évaluer les modèles qui ont été développés, notamment au LJLL et au LPSM, pour appréhender le problème covid-19 à toutes ses échelles, allant du comportement moléculaire au niveau de la progression mondiale. Les exposés sont disponibles sur la page internet du séminaire.

Séminaire épidémiologie/évolution

L'équipe des séminaires d'écologie et d'évolution de Montpellier a mis en ligne les présentations de spécialistes en épidémiologie/évolution. Celles-ci sont disponibles sur la page dédiée.

Modeling and Control of the COVID-19 Outbreak, Italian Chapter of the IEEE Control Systems Society

L’atelier a lieu le vendredi 24 avril de 9h30 à 17h20 (UTC+2) et il est entièrement en anglais. Les vidéos sont disponibles après l'événement. Page dédiée

Ressources de calcul

Services de calcul intensif, cloud, stockage

L’unité mixte de service GRICAD (https://gricad.univ-grenoble-alpes.fr/) localisée sur le site de Grenoble et soutenue par le CNRS, l’UGA, G-INP et INRIA, met ses ressources à disposition des projets autour du covid-19. GRICAD offre en particulier des services de calcul intensif, cloud, stockage et accompagne les scientifiques sur les problématiques des données de la recherche et du calcul. Les membres de l’unité apportent depuis le début de la crise sanitaire leur soutien à plusieurs projets en lien avec l'épidémie. Contacter l’unité.

PRACE : ressources numériques

Le Partnership for Advanced Computing in Europe (PRACE) encourage les propositions de projets demandant des ressources informatiques pour contribuer à l’atténuation de l’impact de la pandémie COVID-19. Ceci s’applique, sans être exhaustif, aux thèmes suivants :

  • Recherche biomoléculaire pour comprendre les mécanismes de l’infection virale ;
  • Recherche en bio-informatique pour comprendre les mutations, l'évolution, etc.
  • Bio-simulations pour développer des thérapeutiques et / ou des vaccins ;
  • Analyse épidémiologique pour comprendre et prévoir la propagation de la maladie ;
  • Autres analyses pour comprendre et atténuer l’impact de la pandémie

Lien vers l’appel

GENCI : ressources numériques

Dans le cadre des efforts de recherche menés au niveau national pour endiguer l’épidémie de Covid19, GENCI met à disposition des chercheurs académiques et industriels français ses moyens de calcul et de stockage pour leurs travaux de modélisation/simulation, traitement de données et usage de l’intelligence artificielle.

Cela s’applique notamment à la recherche au niveau moléculaire pour comprendre les mécanismes utilisés par le virus et développer des vaccins et des thérapies, à la recherche épidémiologique pour comprendre et prévoir la propagation de la maladie, et à d’autres approches connexes visant à comprendre et à stopper la pandémie.

La proposition porte sur l’utilisation immédiate des ressources de GENCI mais aussi l’accompagnement d’équipes de support.

Lien

Linkage : un algorithme d’IA statistique d’analyse des réseaux de communication

Développé au laboratoire MAP5 (CNRS & université de Paris) par Pierre Latouche, ce logiciel permet d’analyser le contenu de toutes les publications liées à une thématique sur les plateformes PUBMED, ARXIV ou HAL. En particulier, il offre la possibilité d’identifier de manière claire les différentes équipes travaillant dans le monde sur ce sujet et leurs spécialités. Les applications sont multiples. Linkage permet notamment de se mettre en relation avec des équipes spécialisées et / ou de suivre les résultats produits par les autres équipes. L’outil est disponible librement pour le secteur public. Il suffit de s’enregistrer puis d’aller dans l’onglet « Co-authorship network » et faire une requête sur PubMed (limité aux 10 000 derniers articles sur le sujet, limite fixée par l’API PubMed).

Données numériques

Nous nous employons dans cette note à répertorier les bases de données accessibles où trouver des informations pertinentes dans le cadre de la modélisation et de l’analyse de l'épidémie COVID-19. Les bases de données sont organisées selon les zones géographiques concernées, France, Europe, Monde. La rubrique Génome rassemble les données génomiques et en liens avec elles, et la rubrique Visualisation pointe vers des sites offrant des solutions diverses de visualisation de données en lien avec l'épidémie.

Nous vous invitons à nous signaler d’autres sources de données dont vous auriez connaissance et qui ne figureraient pas dans la liste. Pour cela, merci de nous contacter à l’adresse covid@math.cnrs.fr en indiquant le mot-clef “[data]” dans son sujet.


La présentation des sources de données se développe selon un même motif. Celui-ci est expliqué dans le premier exemple introduit à la suite de la liste “accès rapide”.

:::info Mise à jour le 10 décembre 2020 :::

Liste “accès rapide”

France | Europe | Monde | Génome | Visualisation | Tests dépistage

France

Europe

Monde

Amérique
Asie
Océanie
Général

Génome

Visualisation

Tests dépistage


France

Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19

  • Source : Santé publique France
  • Description : Le jeu de données renseigne sur la situation hospitalières concernant l'épidémie de COVID-19. Quatre fichiers sont proposés. Ils correspondent respectivement: (i) aux données hospitalières par département et sexe du patient, (ii) aux données hospitalières par région et classe d'âge du patient, (iii) aux données hospitalières quotidiennes par département du patient, (iv) données relatives aux établissements hospitaliers par département.

À propos des anomalies dans les données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19

Données GÉODES

  • Source: Santé publique France
  • Description: données de l’observatoire cartographique de Santé publique France. Regorge d’informations. Exemple ci-dessous.

Nombre de personnes actuellement en réanimation ou soins intensifs pour COVID-19 (GÉODES)

  • Source: Santé publique France
  • Description: Nombre de personnes actuellement en réanimation ou soins intensifs pour cause de Covid-19, à l'échelle régionale ou à l'échelle départementale,

Baromètre COVID-19

  • Source (information extraite le 26/05): “Chaque semaine, une vague de sondage est administrée sur internet par l’institut de sondage IPSOS auprès d’un échantillon de 5000 personnes représentatif de la population française métropolitaine établi par la méthode des quotas. Le questionnaire administré se compose de trois sections:
    • la section barométrique comprend des questions choisies par les partenaires de la vague de sondage;
    • la section éclairages ponctuels comprend des questions choisies par les partenaires de la vague de sondage;
    • la section partenaire comprend des questions choisies par les partenaires de la vague de sondage.”
  • Description (extraite le 26/05): “Le baromètre Covid19 est une initiative de science citoyenne qui entend fournir en open-access à l’ensemble de la société française les données issues d’un sondage hebdomadaire permettant d’éclairer la lutte contre l’épidémie de Covid19 à partir d’éclairages sur la dynamique de l’épidémie de Covid19, ses déterminants et ses impacts.”
  • Les données associées aux vagues hebdomadaires sont accessibles notamment sur data.gouv.fr, et plus spécifiquement ici. À ce jour, il est possible de télécharger les données associées aux:

Suivi des tests en France

  • Source: Santé Publique France. Les données brutes sont sans doute consignées ici.
  • Description: Sélectionner le second onglet. Nombre de tests PCR en laboratoires de ville, réalisés et positifs. Données agrégées et statifiées par classes d'âges.

Données des urgences hospitalières et de SOS médecins relatives à l'épidémie de COVID-19

  • Source: Santé publique France

  • Description: Quatre fichiers sont proposés: (i) les données quotidiennes de SOS médecins et des urgences hospitalières par département, sexe et tranche d’âge des patients, (ii) les données quotidiennes de SOS médecins et des urgences hospitalières par région, sexe et tranches d’âge des patients, (iii) les données quotidiennes de SOS médecins et des urgences hospitalières à l’échelle de la France, par sexe et tranches d’âge des patients, (iv) les données hebdomadaires de SOS médecins et des urgences hospitalières par département et par tranches d’âge des patients.

Données relatives aux tests de dépistage de COVID-19 réalisés en laboratoire de ville

  • Source: Santé publique France

  • Description: Le jeu de données renseigne sur le nombre de tests de dépistage du COVID-19 réalisés par les laboratoires de villes, par département et par sexe (nombre de tests réalisés; nombre de tests positifs). Un fichier quotidien et un fichier hebdomadaire sont proposés. :::warning Depuis le 29 mai 2020, ce jeu de données n’est plus mis à jour. Le système d’information national (SI-DEP) de dépistage du Covid-19 est désormais le système qui fait référence, voir la note ".

Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19 (SI-DEP)

  • Source: Source: Santé publique France

  • Description (extraite du site le 12/06): Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

    La création de ce système d’information est autorisée pour une durée de 6 mois à compter de la fin de l'état d’urgence sanitaire.

    Le jeu de données renseigne, aux échelles départementale et régionale:

    • le nombre de personnes testées et le nombre de personnes déclarées positives par classe d'âge (quotidien et hebdomadaire);
    • le nombre de personnes positives sur 7 jours glissants.

    Le jeu de données renseigne aussi, à l'échelle nationale:

    • le nombre de personnes testées et le nombre de personnes déclarées positives par sexe et classe d'âge (quotidien et hebdomadaire).

    Le taux de positivité correspond au nombre de tests positifs rapportés au nombre de tests réalisés. Il est calculé de la manière suivante: 100 fois le nombre de test positif divisé par le nombre de tests réalisés. Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient, alors la première date pour laquelle les PCR ont le même résultat est conservée. Si les PCR sont discordantes chez un même patient (négative et positive), alors la première PCR positive est conservée.

    De plus, seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SI-DEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.

    Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

    Pour en savoir plus consultez la note méthodologique.

Entrepôt de Données de Santé AP-HP

Données CépiDc

Nombre de décès quotidiens par département (INSEE)

Données INED

  • Source: INED
  • Description: démographie des décès par COVID-19, Allemagne, Espagne, France et Italie (autres pays ajoutés plus tard). Selon le site (texte légèrement remanié):

Les pays cherchent à couvrir au mieux et de manière « quasi-immédiate » les décès attribuables au COVID-19. Mais les collectes, effectuées via des dispositifs d’observation spécifiques, ont des couvertures différentes. Trois éléments-clés sont susceptibles d’impacter les décomptes des pays et donc de jouer sur les différences observées: le lieu du décès (domicile, établissements pour personnes âgées, hôpitaux); le délai de remontée; l’identification de la cause du décès.
Sur ce site, des données sont fournies pour l’Allemagne, l’Espagne, la France, et l’Italie. D’autres pays seront ajoutés prochainement.
Ces données sont issues des statistiques officielles délivrées quotidiennement par les pays. Nous nous attachons à (i) qualifier la source des données utilisée, (ii) fournir un détail par sexe et âge.

Health Data Hub

French crowd-sourcing

  • Sources: Multiples, officielles.
  • Description: Effort collaboratif de consolidation de données. Extrait du site (le 14/04/2000):

L’information officielle sur la progression de l'épidémie en France est assez fragmentée, et n’est presque jamais structurée sous forme de données.

L’objectif de ce dépôt est de consolider l’information officielle, et de la rendre disponible dans des formats ouverts et aisément réutilisables (JSON, CSV, …).

Inutile de perdre du temps à écrire des scrappers, à ce stade il est plus efficace de recopier les données à la main, et d’indiquer la source.

Réseau covid-19 imagerie, Société Française de Radiologie

  • Source: Données recueillies sous l'égide de la Société Française de Radiologie (SFR) et du Conseil Professionnel de la Radiologie Française (CPRF), avec l’appui de l’ensemble des membres du CHU de Poitiers, du CNRS, du G4 (?), et de la Société Belge de Radiologie
  • Description: Recueil épidémiologique des examens d’imagerie médicale au cours de cette crise du COVID. Réseau de 355 centres en France, Belgique, Suisse, Maghreb, … Projet coordonné par Guillaume Herpe et Mathieu Naudin (CHU de Poitiers, laboratoire commun CNRS – Siemens Healthineers, équipe DACTIM-MIS, LMA UMR7348).
  • Informations supplémentaires dans cet article du Fil Info des hôpitaux et groupements hospitaliers de territoire (02/04/2020) et dans ce document PDF.

Données Environmental Systems Research Institute (ESRI) France

  • Source: Multiples, mises en formes et en cartes par ESRI France.
  • Description: Cartographies diverses et variées sur le thème de Covid-19. – En milieu de page, liens vers diverses cartes représentant l'évolution de la maladie dans plusieurs pays.En bas de page, liens vers diverses cartes compilées à partir de bases de données pertinentes.Dernière mise à jour : 13/04/2020

Portail Épidémiologie France, volet Covid-19

  • Source: Portail Epidemiologie - France | Health Databases, catalogue des bases de données individuelles en santé en France; une initiative d’AVIESAN (Alliance nationale pour les sciences de la vie et de la santé) et de l’IReSP (Institut pour la Recherche en Santé Publique).
  • Description: Le portail propose un catalogue en ligne des principales bases de données en santé de source française qui peuvent être utiles au développement de la recherche et de l’expertise en santé publique. Le volet Covid-19 facilite le recensement et l’identification des bases de données individuelles en santé utilisées pour des études concernant la Covid-19 en France.

Liste des bases de données hébergées sur le site https://covid-19.sante.gouv.fr/ressources

  • Source: La DREES (Direction de la Recherche, des Études, de l'Évaluation et des Statistiques) a regroupé plusieurs bases de données pertinentes pour la modélisation et l’analyse mathématiques de l'épidémie de Covid-19. L’accès au site est soumis à l’obtention d’une autorisation.

  • Description: Le document au bout de ce lien recense les bases de données disponibles et les conditions requises pour y accéder. Certaines de ces bases de données sont aussi en libre accès sur d’autres sites institutionnels. La plateforme de la DREES présente deux avantages: les bases de données sont localisées au même endroit, et certaines d’entre elles ont été redressées.

Europe

Imperial College London

  • Source: ECDC (ce lien pointe plus bas vers la référence de cette ressource)
  • Description (extraite du site le 14/04/2020):

For the COVID-19 epidemics in several European countries, estimates of (i) the number of infections and (ii) the impact of non-pharmaceutical interventions.

  • Détails supplémentaires: – hypothèses-clefs et propriétés du modèle décrites avec soin; – données en lien avec les interventions disponibles au bout de ce lien; – rapports techniques sur le modèle développé (version vulgarisée) et (version scientifique, format PDF); – code source au bout de ce lien.

European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)

  • Source: European Centre for Disease Prevention and Control.
  • Description: Nombres de cas et de décès à travers le monde, quelques courbes et cartes. Mise à jour quotidienne.

Données INED

Italy Ministry of Health

  • Source: Ministère Italien de la Santé.
  • Description: Résumé succinct de la situation (nombres de cas testés positifs, de décès, de guérisons; répartition des cas – domicile, hôpital, réanimation) et données spatiales.

Données officielles italiennes

Monde

Amérique

Évolution de la pandémie en Argentine

  • Source: Quotidien argentin La Nacion, et données recueillies par le Ministère de la Santé argentin (modulo la mauvaise interprétation d’une phrase rédigée en espagnol!).
  • Description:
    • données à l'échelle de l’Argentine et de Buenos Aires (nombres de cas, de guérisons, de décès, types de contagion; statistiques sur les résultats des tests effectués; statistiques sur les personnes infectées);
    • infographie très réussie sur la façon dont se déroule une infection.

US CDC

  • Source: Centers for Disease Control and Prevention USA.
  • Description: Rapports quotidiens (données textuelles; quelques cartes et chiffres).

1Point3Acres

  • Source: Covid-19 aux États-Unis et au Canada, “real time updates with credible sources (made with love by first generation Chinese immigrants)”
  • Description: Beaux graphiques interactifs, données numériques incluant nombres de cas, de décès, de tests positifs et négatifs à différents niveaux de granularité.
Asie

National Health Commission of the People’s Republic of China

  • Source: National Health Commission of the People’s Republic of China.
  • Description: En mandarin.

China CDC weekly

  • Source: Chinese Journal of Epidemiology (a.k.a. China CDC Weekly).
  • Description: Rapports quotidiens (données textuelles, en anglais).

Taiwan CDC

  • Source: Centres taïwanais de contrôle des maladies (wiki)
  • Description: En mandarin (mais carte facile d’usage).

Données coréennes

  • Source: Korea Centers for Disease Control & Prevention.
  • Description: Nombres de cas suspectés ou confirmés, nombres de cas importés, analyse (données textuelles). Mise à jour quotidienne.

Ministry of Health Singapore (MOH)

  • Source: Ministère de la Santé de Singapour.
  • Description: Données relatives aux cas et aux tests effectués. Mise à jour quotidienne.
Océanie

Australian Government Department of Health

  • Source: Ministère Australien de la Santé.
  • Description: Page mise à jour quotidiennement. Nombre de cas confirmés, quelques graphiques.
Général

Données mondiales de surmortalité, pays par pays telles qu’exploitées par The Economist

  • Source: Compilation par les journalistes de The Economist de données nationales officielles de surmortalité. Les sources de données sont précisées pays par pays dans la présentation du dépôt github.
  • Description: Le journal The Economist partage ici un article qui représente et analyse la surmortalité pays par pays en ces temps de pandémie (jusqu’au 16 avril à l’heure de la rédaction de cette note). Le dépôt contient les données exploitées et le code utilisé pour nettoyer celle-ci, les analyser et les représenter.

Our World in Data Initiative

  • Source: Our World in Data, soutenue par la Oxford Martin School, dont la mission est présentée .
  • Description: – cas et décès confirmés (à partir d’extraction de données depuis le European CDC); – données relatives aux campagne de test (détails sur les sources de données ).

COVID-19 Data Repository by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University

Patient Medical Data for Novel Coronavirus COVID-19, incluant des données de déplacement

  • Source (mise en ligne le 13/04): Epidemiological data from the 2019 nCoV outbreak, mise en forme par Wolfram.
  • Description: “Medical records of patients infected with novel coronavirus COVID-19. Patient record including age, sex, location, date of onset, symptoms, travel history, chronic diseases, and date of discharge or death.”

Veille CEBM

COVID-19 Open Research Dataset (CORD-19)

  • Source: Allen Institute for AI, et multiples bases de données d’articles en ligne (dont PMC, medRxiv et bioRxiv).
  • Description (extraite du site le 14/04/2020):

In response to the COVID-19 pandemic, the Allen Institute for AI has partnered with leading research groups to prepare and distribute the COVID-19 Open Research Dataset (CORD-19), a free resource of over 51,000 scholarly articles, including over 40,000 with full text, about COVID-19 and the coronavirus family of viruses for use by the global research community.
This dataset is intended to mobilize researchers to apply recent advances in natural language processing to generate new insights in support of the fight against this infectious disease. The corpus will be updated weekly as new research is published in peer-reviewed publications and archival services like bioRxiv, medRxiv, and others.

Living mapping and living systematic review of Covid-19 studies TITRE MIS À JOUR

  • Sources: multiples, collectées et analysées par cette équipe.
  • Description (extraite du site le 10/04/2020):

Up to April 10, 2020 we have screened 3,791 records, included 8 RCTs and 42 observational studies. Characteristics of the randomized trials identified, including a complete description of the assessment of each risk of bias domain with supports for judgement and forest plots are available here.

Covid-19 Global Pandemic Real-time Report

  • Source: DXY.cn, réseau social paramédical chinois (wiki)

  • Description: Multitude de données mises à jour en temps réel.

CovidAnalytics

  • Source: CovidAnalytics,
  • Groupe de chercheurs du Operations Research Center (MIT), en collaboration avec Hartford HealthCare et ASST Cremona pour les données et le soutien à l’effort de modélisation. L’ensemble des collaborateurs sont présentés .
  • Description (extraite du site le 14/04/2020):

At a high level, each row of the dataset represents a cohort of patients. Some papers study a single cohort, while others study several cohorts, and still others report results about one cohort and one or more subcohorts; all of these are included as rows in the dataset. Given a cohort, each column represents information about this cohort of patients, divided roughly in the following categories: (i) demographic information (e.g. number of patients in the cohort, (ii) aggregated age and gender statistics), (iii) comorbidity information (e.g. prevalence of diabetes, hypertension, etc.), (iv) symptoms (including fever, cough, sore throat, etc.), (v) treatments (including antibiotics, intubation, etc.), (vi) standard labs (including lymphocyte count, platelets, etc.), (vii) outcomes (including discharge, hospital length of stay, death, etc.).
This data aggregates data from different hospitals across the world, which may have different equipment and reporting standards. It was obtained through a human reading process, which is inherently imperfect. In addition, we often chose to prioritize standardizing information across papers over perfect accuracy.

Open access epidemiological data from the COVID-19 outbreak

We have built a centralised repository of individual-level information on patients with laboratory-confirmed COVID-19 (in China, confirmed by detection of virus nucleic acid at the City and Provincial Centers for Disease Control and Prevention), including their travel history, location (highest resolution available and corresponding latitude and longitude), symptoms, and reported onset dates, as well as confirmation dates and basic demographics. Information is collated from a variety of sources, including official reports from WHO, Ministries of Health, and Chinese local, provincial, and national health authorities. If additional data are available from reliable online reports, they are included. Data are available openly and are updated on a regular basis (around twice a day).

Tracking coronavirus: Map, data and timeline

  • Source: BNO News, agence de presse hollandaise (wiki)
  • Description (extraite du site le 13/04/2020):

The table below shows confirmed cases of coronavirus (officially known as SARS-CoV-2, COVID-19, or 2019-nCoV) around the world. Each figure is verified by our team through local health departments or local media. You can find a distribution map and a timeline with a list of recent updates below the table. (“This list is currently not being updated. BNO News will be back soon”)

Données de mobilité Google

  • Source: Google.
  • Description: Données sur les déplacements des personnes qui autorisent l’application Google Map à stocker leurs données, dans différentes catégories d’endroits tels que la vente au détail et les loisirs, les épiceries et les pharmacies, les parcs, les stations de transport en commun, les lieux de travail et les résidences.
  • Last update 16/06/2020.
    Ressources: – détails supplémentaires; – exemple d’exploitation.

European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)

  • Voir la description de la ressource sur cette même page, plus haut.

WorldoMeter

:::info Attention: Bien que les données mises à disposition par Worldometer soient largement exploitées par des institutions de référence (telle que la Johns Hopkins University), la façon dont la base de données est enrichie présente quelques zones d’ombre. Un article de CNN paru le 19 mai 2020 et disponible ici enquête sur le sujet. :::

  • Source: Worldometer, “a provider of global COVID-19 statistics for a wide audience of caring people around the world” (plus de détails au bout de ce lien). Worldometer est géré par une équipe internationale de développeurs et développeuses, de chercheurs et chercheuses et de volontaires dans le but de rendre les statistiques mondiales disponibles dans un format stimulant et pertinent pour un large public à travers le monde. Il est publié par une petite société de médias numériques indépendante basée aux États-Unis.
  • Description (extrait du site le 13/04/2020):

Our sources include Official Websites of Ministries of Health or other Government Institutions and Government authorities’ social media accounts. Because national aggregates often lag behind the regional and local health departments’ data, an important part of our work consists in monitoring thousands of daily reports released by local authorities. Our multilingual team also monitors press briefings’ live streams throughout the day. Occasionally, we can use a selection of leading and trusted news wires with a proven history of accuracy in communicating the data reported by Governments in live press conferences before it is published on the Official Websites.

COVID Tracking Project

  • Source (extrait le 20/04):

The COVID Tracking Project is a volunteer organization launched from The Atlantic and dedicated to collecting and publishing the data required to understand the COVID-19 outbreak in the United States. Since early March, 2020, we have grown from a tiny team with a spreadsheet to a project with hundreds of volunteer data-gatherers, developers, scientists, reporters, designers, editors, and other dedicated contributors. All our information comes from state/district/territory public health authorities—or, occasionally, from trusted news reporting, official press conferences, or (very occasionally) tweets or Facebook updates from state public health authorities or governors. We cite all sources in the spreadsheet and discuss the dataset’s constantly fluctuating oddities in the annotations that accompany each state’s data on our website and in the spreadsheet.

  • Description: À l'échelle des états américains, nombres de personnes testées positives ou négatives, nombres de personnes hospitaliséesn en réanimation, sous assistance respiratoire, nombres de guérisons et de décès (description détaillée ).

Our World in Data Initiative

  • Source: Our World in Data est un site global de données élaboré grâce à une collaboration entre des chercheurs de l’Université d’Oxford, qui sont les éditeurs scientifiques du contenu du site Web et l’organisation à but non lucratif Global Change Data Lab, qui publie et gère le site Web et les outils de données.est un site global de données élaboré grâec à une collaboration entre des chercheurs de l’Université d’Oxford, qui sont les éditeurs scientifiques du contenu du site Web et l’organisation à but non lucratif Global Change Data Lab, qui publie et gère le site Web et les outils de données.
  • Description:
    • rubriques décès, cas, tests et mortalité, graphiques interactifs. Mise à jour quotidienne;
    • données présentées et mises à disposition dans ce dépôt.

Models of Infectious Disease Agent Study (MIDAS)

  • Sources: Multiples. Données recueillies et distribuées par MIDAS, associé à l’Université de Pittsburgh (l’Institut Pasteur y participe aussi):

MIDAS is a global network of scientists and practitioners from academia, industry, government, and non-governmental agencies, who develop and use computational, statistical and mathematical models to improve the understanding of infectious disease dynamics as it relates to pathogenesis, transmission, effective control strategies, and forecasting. MIDAS supports open science practices by encouraging members to collaborate by sharing information, datasets, models, workflows, and research insights to improve global preparedness for, and response against infectious disease threats. )

SafeGraph COVID-19 Data Consortium

  • Source: SafeGraph, entreprise spécialisée dans la fourniture de données spatiales.
  • Description (extraite le 20/04): “The data includes aggregated and anonymized datasets on social distancing and foot traffic to businesses. More details on the datasets here.” SafeGraph offre un accès à ces données à titre gracieux pour des études scientifiques en lien avec l'épidémie Covid-19. Un questionnaire doit être renseigné. Exemple.

CovidPoops19

  • Source: Une initiative de l’Université de Californie à Merced, en partenariat avec COVID-19 Wastewater Based Epidemiology Collaborative.

  • Description (texte extrait le 8/12): “Wastewater monitoring for SARS-CoV-2 RNA has been shown effective to predict outbreaks of COVID-19 by 2-14 days. The virus recovered in wastewater can sample whole city populations with results in 1-2 days. Monitoring efforts are also being deployed at university campuses and dorms. Our goal is to provide a global map of SARS-CoV-2 wastewater testing so the public can easily see where testing is happening in their area. Wastewater sampling for SARS-CoV-2 should not replace individual testing but be used in tandem with other measures.

    • SARS-CoV-2 RNA concentrations are not direct COVID-19 case numbers.

    • Standard methods and protocols are still being developed and vary by location.

    • The virus detected in wastewater has not been shown to be infective though proper personal protective equipment is worn by those sampling.

    • We only report publically available or published sampling locations. Sampling is more widespread but most data has not been made public yet.”

Génome

GISAID Initiative

  • Source (texte extrait le 27/04): “The GISAID Initiative promotes the international sharing of all influenza virus sequences, related clinical and epidemiological data associated with human viruses, and geographical as well as species-specific data associated with avian and other animal viruses, to help researchers understand how the viruses evolve, spread and potentially become pandemics. In 2013 the European Commission recognized GISAID as a research organization and partner in the PREDEMICS consortium, a project on the Preparedness, Prediction and the Prevention of Emerging Zoonotic Viruses with Pandemic Potential using multidisciplinary approaches.”
  • Description: Séquences de souches de SARS-CoV-2. Le 27/04, le site hébergeait 12.391 séquences.

The European COVID-19 Data Portal

  • Source: The European Commission and EMBL’s European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), together with EU Member States.
  • Description (extraite du site le 20/04):

The European COVID-19 Data Portal will bring together and continuously update relevant COVID-19 datasets and tools, will host sequence data sharing and will facilitate access to other SARS-CoV-2 resources.

Genetic Sequences for the SARS-CoV-2 Coronavirus

Nucleotide sequences of the SARS-CoV-2 virus (the virus associated with the COVID-19 disease, formerly known as 2019-nCoV) including location, collection time and similar supporting data.Properties provided with each sequence include: “Accession”, “Species”, “Genus”, “Family”, “Length”, “Authors”, “Publications”, “GeographicLocation”, “DetailedGeographicLocation”, “Host”, “Sequence”, “CollectionDate”, “ReleaseDate”, “InclusionDate”, “SequenceType”, “NucleotideStatus”, “GenBankTitle”, “IsolationSource” and “BioSample”. Additional content elements include: “CollectionHistogram”, a DateHistogram of when the sequences were collected; “ReleaseHistogram”, a DateHistogram of when the sequences were released to the public; “InclusionHistogram”, a DateHistogram of when the sequences were included in the source for this data; AffectedLocations”, a world map showing where these sequences were collected.

Protein Sequences for the SARS-CoV-2 Coronavirus

Protein sequences of the SARS-CoV-2 virus (the virus associated with the COVID-19 disease, formerly known as 2019-nCoV) including location, collection time and similar supporting data. Properties provided with each sequence include: “Accession”, “Species”, “Genus”, “Family”, “Length”, “Authors”, “Publications”, “GeographicLocation”, “DetailedGeographicLocation”, “Host”, “Sequence”, “CollectionDate”, “ReleaseDate”, “InclusionDate”, “GenBankTitle”, “ProcessedTitle”, “SequenceType”, “ProteinStatus”, “IsolationSource” and “BioSample”. Additional content elements include: “CollectionHistogram”, a DateHistogram of when the sequences were collected; “ReleaseHistogram”, a DateHistogram of when the sequences were released to the public; “InclusionHistogram”, a DateHistogram of when the sequences were included in the source for this data; AffectedLocations”, a world map showing where these sequences were collected.

CDC Primers for SARS-CoV-2 Research

Properties provided with each primer include: “Name”, “Description”, “Oligonucleotide Sequence”, “Label”, “Working Concentration”, and “Sequence String” and “Forward Matching Pattern”. Primers provided by the US Centers for Disease Control and Prevention (CDC) for identifying SARS-CoV-2 for research purposes, including the names, sequences, working concentration, and related information

Visualisation

Visualisation de l’évolution de l’épidémie en France et dans le monde (Le Monde)

  • Source (extrait le 14/05): “Les données de cet article de suivi sont automatiquement mises à jour toutes les nuits avec les chiffres consolidés de la veille par l’université Johns-Hopkins, dont le suivi fait référence. Les données françaises sont, elles, actualisées vers 19 heures tous les soirs.” La base de données entretenue par Johns-Hopkins est par ailleurs référencée ici.
  • Description: “La situation en France et à l’étranger, synthétisée par Le Monde en cartes et en graphiques et actualisée chaque jour.”

Évolution de la pandémie en Argentine

Tracking coronavirus: Map, data and timeline

1Point3Acres

Our World in Data

  • Source et description: voir ici.

COVID-19 Dashboard by CSSE/Johns Hopkins

Science-Po Media-Lab

  • Source: Données issues de ce site (référencé sur cette page).
  • Description: Application permettant de visualiser des séries chronologiques diverses en lien avec l'épidémie COVID-19.

Coronavirus tracked, par le Financial Times

  • Sources: Multiples, mais principalement issues de ce site (référencé sur cette page).
  • Description: “The FT analyses the scale of outbreaks and the number of deaths around the world”. Très nombreux graphiques, dont par exemple (en date du 22/05):
    • daily deaths of patients diagnosed with coronavirus (7-day rolling average)
    • has your country’s pandemic peaked? (the interactive chart allows to explore data about the pandemic to better understand the disease’s spread and trajectory in countries around the world)
    • death rates have climbed far above historical averages in many countries that have faced Covid-19 outbreaks
    • mortality rates have soared in urban areas worldwide, with overall excess deaths much higher than reported Covid-19 counts
    • global responses to the pandemic (Oxford Covid-19 government response stringency index)
    • exiting lockdowns (from business closures to movement restrictions, some countries’ policies show first signs of easing; follow the changes using the interactive tool)
    • mapping the coronavirus oubreak
    • coronavirus situation in Europe
    • coronavirus situation in the US

Visualisation de l'épidémie en gnuplot

  • Source: Données du European Center for Disease Prevention and Control, site référencé sur cette page, ici.
  • Description: Séries de graphiques implémentés en gnuplot et mis à jour quotidiennement

What Happens Next?, COVID-19 Futures, Explained With Playable Simulations

  • Source: Marcel Salathé (epidemiologist) & Nicky Case (art/code).

  • Description: Popularisation artistique avec simulations interactives.

Graphical representations of the evolution of COVID-19

CovidTracker

  • Source: Guillaume Rozier, à partir des données de Santé Publique France et de l’INSEE.

  • Description: “CovidTracker France permet de suivre l’épidémie de Coronavirus et la maladie associée, le Covid19, en France et dans ses régions.” Les cartes suivantes sont mises à jour quotidiennement vers 19h: – carte Activité épidémique; – carte Vue d’ensemble; – cartes Activité du virus (taux de reproduction R effectif, tests positifs, répartition des cas en fonction de l’âge); – cartes Indicateurs épidémiques (circulation du virus, saturation hospitalière); – carte Hospitalisations et réanimations liées au Covid-19; – carte Décès dus au Covid-19.

Visualisation Covid-19

Tests de dépistage

Liste complète des tests COVID-19 existants, Ministère des Solidarités et de la Santé

  • Source: Ministère des Solidarités et de la Santé

  • Description: Liste complète des tests de détection moléculaire de SARS-CoV-2 et des tests sérologiques. Contient: – nom, fabricant, distributeur, marquage CE et évaluation CNR, type de test, point de vigilance, informations complémentaires; – contexte juridique des tests; – outil de visualisation.

Tests pour le diagnostic des infections par le SARS-CoV-2: synthèse de l’Institut Pasteur

  • Source: Institut Pasteur
  • Description: Synthèse à destination de la presse et du grand public sur les tests pour le diagnostic des infections par le SARS-CoV-2.

Tests pour le diagnostic des infections par le SARS-CoV-2: synthèse de la Société Française de Microbiologie

Coronavirus Testing Basics (FDA)