Services de calcul intensif, cloud, stockage
L’unité mixte de service GRICAD localisée sur le site de Grenoble et soutenue par le CNRS, l’UGA, G-INP et Inria, a mis ses ressources à disposition des projets autour de la Covid-19. GRICAD a en particulier offert des services de calcul intensif, cloud, stockage et accompagné les scientifiques sur les problématiques des données de la recherche et du calcul. Les membres de l’unité ont apporté depuis le début de la crise sanitaire leur soutien à plusieurs projets en lien avec l’épidémie. Contacter l’unité.
PRACE : ressources numériques
Le Partnership for Advanced Computing in Europe (PRACE) a encouragé les propositions de projets demandant des ressources informatiques pour contribuer à l’atténuation de l’impact de la pandémie de Covid-19. Ceci s’est appliqué, sans être exhaustif, aux thèmes suivants :
- Recherche biomoléculaire pour comprendre les mécanismes de l’infection virale ;
- Recherche en bioinformatique pour comprendre les mutations, l’évolution, etc.
- Biosimulations pour développer des thérapeutiques et / ou des vaccins ;
- Analyse épidémiologique pour comprendre et prévoir la propagation de la maladie ;
- Autres analyses pour comprendre et atténuer l’impact de la pandémie
GENCI : ressources numériques
Dans le cadre des efforts de recherche menés au niveau national pour endiguer l’épidémie de Covid-19, GENCI a mis à disposition des chercheurs académiques et industriels français ses moyens de calcul et de stockage pour leurs travaux de modélisation/simulation, traitement de données et usage de l’intelligence artificielle.
Cela s’est appliqué notamment à la recherche au niveau moléculaire pour comprendre les mécanismes utilisés par le virus et développer des vaccins et des thérapies, à la recherche épidémiologique pour comprendre et prévoir la propagation de la maladie, et à d’autres approches connexes visant à comprendre et à stopper la pandémie.
La proposition a porté sur l’utilisation immédiate des ressources de GENCI mais aussi sur l’accompagnement d’équipes de support.
Linkage : un algorithme d’IA statistique d’analyse des réseaux de communication
Développé par Pierre Latouche (CNRS, Université Paris Cité) au laboratoire MAP5 et par Charles Bouveyron (CNRS, Inria, Université Côte d’Azur) au laboratoire J.A. Dieudonné, ce logiciel permet d’analyser le contenu de toutes les publications liées à une thématique sur les plateformes PubMed, arXiv, HAL, bioRxiv et medRxiv. En particulier, il offre la possibilité d’identifier de manière claire les différentes équipes travaillant dans le monde sur ce sujet et leurs spécialités. Les applications sont multiples. Linkage permet notamment de se mettre en relation avec des équipes spécialisées et / ou de suivre les résultats produits par les autres équipes. L’outil est disponible librement pour le secteur public. Il suffit de s’enregistrer puis d’aller dans l’onglet « Co-authorship network » et faire une requête sur PubMed par exemple (limité aux 10 000 derniers articles sur le sujet).