URL
https://www.mdpi.com/2079-7737/9/5/97
Type d’article
Article peer-reviewed
Thème
Autre : Epidémiologie
Que retenir de cet article, en 1-2 phrases ?
Le modèle étudié dans cet article est le même que dans la référence des mêmes auteurs portant sur un jeu de données plus récent Roques, L., Klein, E. K., Papaïx, J., Sar, A., & Soubeyrand, S. (2020). Impact of Lockdown on the Epidemic Dynamics of COVID-19 in France. Frontiers in Medicine, 7, 274. Nous mentionnons ici uniquement les différences avec cet article et renvoyons vers le lien ci-dessus pour les détails du modèle et les commentaires méthodologiques.
L’article vise à ajuster un modèle SIR simple aux données sur les cas d’infection et les décès afin d’estimer le taux de létalité des infections par le SARS-CoV-2 au début de l’épidémie en France (du 29 février au 17 mars 2020).
Objectifs de l’étude / Questions abordées
L’objectif de l’étude est d’estimer le taux de létalité des infections par le SARS-CoV-2 et le nombre total d’individus infectés peu après le début de l’épidémie en France (du 29 février au 17 mars 2020).
Méthode
L’ajustement des paramètres du modèle SIR est réalisé par maximisation de la vraisemblance sur les données d’infection et de décès de la période du 20 février au 17 mars 2020. Les données de décès (EHPAD inclus) permettent d’estimer le taux de létalité des infections. Une analyse de sensibilité aux valeurs des paramètres fixés est réalisée. La distribution postérieure des paramètres est calculée par MCMC avec une distribution a priori non informative. Des distributions informatives ont également été testées.
Résultats principaux
Cette étude a permis d’estimer (i) le nombre de reproduction de base de l’épidémie en France (R_0=3,2 - IC à 95% : 3,1–3,3), (ii) la date initiale effective de l’épidémie en France (entre le 26 et le 30 janvier 2020), (iii) le taux de létalité (0,8% - IC à 95% : 0,45–1,25). Les infections réelles seraient 8 fois plus importantes que les cas d’infection observés sur cette période.