URL

https://doi.org/10.1101/2021.05.13.21257141

Type d’article

Preprint

Thème

Stratégies de contrôle

Résumé détaillé et factuel de l’article

Les auteurs rappellent le contexte et les enjeux du contrôle des variants et de leur importation. Modèle à deux variants : modèle ODE de type Susceptible Latent (sous divisé en deux compartiments successifs) Infectés (séparés en détectés ou non et en deux sous compartiments successifs). La sous division amène la durée totale d’infection/latence à suivre une loi d’Erlang plutôt qu’exponentielle. Les paramètres sont choisis pour refléter un comportement générique (les auteurs utilisent un intervalle de génération de 10 jours qu’ils pointent eux-mêmes comme long en regard de la littérature, ce qui a un impact sur l’effet de la quarantaine). Les nombres de reproductions (R) sont définis et calculés (tenant compte d’un effet sur la contagiosité des infectés détectés). Ceci amène à questionner les paramètres caractérisant les durées de séjour dans chaque phase, la contagiosité (des détectés/non détectés) et la capacité de détection. Les simulations stochastiques sont basées sur des modèles par chaînes de Markov à temps continu. Les auteurs déterminent numériquement la proportion de simulations amenant à l’extinction d’un variant et la comparent à un proxy théorique (formule de Whittle). Les auteurs proposent ensuite un modèle avec importation d’un variant. Ceci permet d’étudier l’effet d’une quarantaine et des fermetures de frontières. Ils établissent notamment que l’effet de la transmission communautaire peut prendre rapidement le pas sur les importations. Des simulations tentent de mesurer le retard dans l’installation du variant et de la taille finale de l’épidémie en fonction de la durée de fermeture des frontières. Enfin, les auteurs proposent un modèle de métapopulation basé sur les modèles précédents, avec exportation/importation d’un variant. L’étude est assez brève sur ce modèle. Pour conclure, les auteurs présentent des questionnements sur les variants, commentant le fait qu’en vie réelle un variant met du temps à être identifié , ce qui le rend souvent dominant au moment de la recherche systématique. Les simulations permettent de tester la difficulté (mesurée en probabilité de succès d’une implantation) d’empêcher l’arrivée d’un variant sur un territoire.

Commentaire / brève évaluation, limites, ouvertures possibles

Il faudrait avoir des données précises sur les coefficients pour dépasser le qualitatif (qui est de qualité).