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➔ Bibliographie

Monde

Veille bibliographique MODCOV19

  • Source: MODCOV19, avec l’aide des membres de la plateforme.
  • Description: veille bibliographique animée par la plateforme MODCOV19.

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Veille bibliographique HAS-Santé

➔ Contact et mobilité

Monde

Patient Medical Data for Novel Coronavirus Covid-19, incluant des données de déplacement

  • Source (mise en ligne le 13/04): Epidemiological data from the 2019 nCoV outbreak, mise en forme par Wolfram.
  • Description: “Medical records of patients infected with novel coronavirus Covid-19. Patient record including age, sex, location, date of onset, symptoms, travel history, chronic diseases, and date of discharge or death.”

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Données de mobilité Google

  • Source: Google.
  • Description: Données sur les déplacements des personnes qui autorisent l’application Google Map à stocker leurs données, dans différentes catégories d’endroits tels que la vente au détail et les loisirs, les épiceries et les pharmacies, les parcs, les stations de transport en commun, les lieux de travail et les résidences.
  • Last update 16/06/2020.
    Ressources: – détails supplémentaires; – exemple d’exploitation.

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SafeGraph Covid-19 Data Consortium

  • Source: SafeGraph, entreprise spécialisée dans la fourniture de données spatiales.
  • Description (extraite le 20/04/2020): “The data includes aggregated and anonymized datasets on social distancing and foot traffic to businesses. More details on the datasets here.” SafeGraph offre un accès à ces données à titre gracieux pour des études scientifiques en lien avec l’épidémie Covid-19. Un questionnaire doit être renseigné. Exemple.

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➔ Pression épidémique

France

Données CépiDc

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Nombre de décès quotidiens par département (INSEE)

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Europe

Données INED

  • Source: INED
  • Description: démographie des décès par la Covid-19, Allemagne, Espagne, France et Italie (autres pays ajoutés plus tard). Selon le site (texte légèrement remanié):

Les pays cherchent à couvrir au mieux et de manière « quasi-immédiate » les décès attribuables à la Covid-19. Mais les collectes, effectuées via des dispositifs d’observation spécifiques, ont des couvertures différentes. Trois éléments-clés sont susceptibles d’impacter les décomptes des pays et donc de jouer sur les différences observées: le lieu du décès (domicile, établissements pour personnes âgées, hôpitaux); le délai de remontée; l’identification de la cause du décès.
Sur ce site, des données sont fournies pour l’Allemagne, l’Espagne, la France, et l’Italie. D’autres pays seront ajoutés prochainement.
Ces données sont issues des statistiques officielles délivrées quotidiennement par les pays. Nous nous attachons à (i) qualifier la source des données utilisée, (ii) fournir un détail par sexe et âge.

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Imperial College London

  • Source: ECDC (ce lien pointe plus bas vers la référence de cette ressource)
  • Description (extraite du site le 14/04/2020):

For the Covid-19 epidemics in several European countries, estimates of (i) the number of infections and (ii) the impact of non-pharmaceutical interventions.

  • Détails supplémentaires: – hypothèses-clefs et propriétés du modèle décrites avec soin; – données en lien avec les interventions disponibles au bout de ce lien; – rapports techniques sur le modèle développé là (version vulgarisée) et là (version scientifique, format PDF); – code source au bout de ce lien.

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European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)

  • Source: European Centre for Disease Prevention and Control.
  • Description: Nombres de cas et de décès à travers le monde, quelques courbes et cartes. Mise à jour quotidienne.

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Italy Ministry of Health

  • Source: Ministère Italien de la Santé.
  • Description: Résumé succinct de la situation (nombres de cas testés positifs, de décès, de guérisons; répartition des cas – domicile, hôpital, réanimation) et données spatiales.

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Données officielles italiennes

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Coronavirus tracked, par le Financial Times

  • Sources: Multiples, mais principalement issues de ce site (référencé sur cette page).
  • Description: “The FT analyses the scale of outbreaks and the number of deaths around the world”. Très nombreux graphiques, dont par exemple (en date du 22/05):
    • daily deaths of patients diagnosed with coronavirus (7-day rolling average)
    • has your country’s pandemic peaked? (the interactive chart allows to explore data about the pandemic to better understand the disease’s spread and trajectory in countries around the world)
    • death rates have climbed far above historical averages in many countries that have faced Covid-19 outbreaks
    • mortality rates have soared in urban areas worldwide, with overall excess deaths much higher than reported Covid-19 counts
    • global responses to the pandemic (Oxford Covid-19 government response stringency index)
    • exiting lockdowns (from business closures to movement restrictions, some countries’ policies show first signs of easing; follow the changes using the interactive tool)
    • mapping the coronavirus oubreak
    • coronavirus situation in Europe
    • coronavirus situation in the US

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Monde

Données mondiales de surmortalité, pays par pays telles qu’exploitées par The Economist

  • Source: Compilation par les journalistes de The Economist de données nationales officielles de surmortalité. Les sources de données sont précisées pays par pays dans la présentation du dépôt github.
  • Description: Le journal The Economist partage ici un article qui représente et analyse la surmortalité pays par pays en ces temps de pandémie (jusqu’au 16 avril à l’heure de la rédaction de cette note). Le dépôt contient les données exploitées et le code utilisé pour nettoyer celle-ci, les analyser et les représenter.

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Our World in Data Initiative

  • Source: Our World in Data, soutenue par la Oxford Martin School, dont la mission est présentée là.
  • Description: – cas et décès confirmés (à partir d’extraction de données depuis le European CDC); – données relatives aux campagne de test (détails sur les sources de données là).

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Covid-19 Data Repository by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University

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Patient Medical Data for Novel Coronavirus Covid-19, incluant des données de déplacement

  • Source (mise en ligne le 13/04): Epidemiological data from the 2019 nCoV outbreak, mise en forme par Wolfram.
  • Description: “Medical records of patients infected with novel coronavirus Covid-19. Patient record including age, sex, location, date of onset, symptoms, travel history, chronic diseases, and date of discharge or death.”

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Tracking coronavirus: Map, data and timeline

  • Source: BNO News, agence de presse hollandaise (wiki)
  • Description (extraite du site le 13/04/2020):

The table below shows confirmed cases of coronavirus (officially known as SARS-CoV-2, Covid-19, or 2019-nCoV) around the world. Each figure is verified by our team through local health departments or local media. You can find a distribution map and a timeline with a list of recent updates below the table. (“This list is currently not being updated. BNO News will be back soon”)

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Our World in Data Initiative

  • Source: Our World in Data est un site global de données élaboré grâce à une collaboration entre des chercheurs de l’Université d’Oxford, qui sont les éditeurs scientifiques du contenu du site Web et l’organisation à but non lucratif Global Change Data Lab, qui publie et gère le site Web et les outils de données.est un site global de données élaboré grâec à une collaboration entre des chercheurs de l’Université d’Oxford, qui sont les éditeurs scientifiques du contenu du site Web et l’organisation à but non lucratif Global Change Data Lab, qui publie et gère le site Web et les outils de données.
  • Description:
    • rubriques décès, cas, tests et mortalité, graphiques interactifs. Mise à jour quotidienne;
    • données présentées et mises à disposition dans ce dépôt.

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Coronavirus tracked, par le Financial Times

  • Sources: Multiples, mais principalement issues de ce site (référencé sur cette page).
  • Description: “The FT analyses the scale of outbreaks and the number of deaths around the world”. Très nombreux graphiques, dont par exemple (en date du 22/05):
    • daily deaths of patients diagnosed with coronavirus (7-day rolling average)
    • has your country’s pandemic peaked? (the interactive chart allows to explore data about the pandemic to better understand the disease’s spread and trajectory in countries around the world)
    • death rates have climbed far above historical averages in many countries that have faced Covid-19 outbreaks
    • mortality rates have soared in urban areas worldwide, with overall excess deaths much higher than reported Covid-19 counts
    • global responses to the pandemic (Oxford Covid-19 government response stringency index)
    • exiting lockdowns (from business closures to movement restrictions, some countries’ policies show first signs of easing; follow the changes using the interactive tool)
    • mapping the coronavirus oubreak
    • coronavirus situation in Europe
    • coronavirus situation in the US

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➔ Génétique

Europe

The European Covid-19 Data Portal

  • Source: The European Commission and EMBL’s European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), together with EU Member States.
  • Description (extraite du site le 20/04/2020):

The European Covid-19 Data Portal will bring together and continuously update relevant Covid-19 datasets and tools, will host sequence data sharing and will facilitate access to other SARS-CoV-2 resources.

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Monde

GISAID Initiative

  • Source (texte extrait le 27/04/2020): “The GISAID Initiative promotes the international sharing of all influenza virus sequences, related clinical and epidemiological data associated with human viruses, and geographical as well as species-specific data associated with avian and other animal viruses, to help researchers understand how the viruses evolve, spread and potentially become pandemics. In 2013 the European Commission recognized GISAID as a research organization and partner in the PREDEMICS consortium, a project on the Preparedness, Prediction and the Prevention of Emerging Zoonotic Viruses with Pandemic Potential using multidisciplinary approaches.”
  • Description: Séquences de souches de SARS-CoV-2. Le 27/04/2020, le site hébergeait 12.391 séquences.

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Genetic Sequences for the SARS-CoV-2 Coronavirus

Nucleotide sequences of the SARS-CoV-2 virus (the virus associated with the Covid-19 disease, formerly known as 2019-nCoV) including location, collection time and similar supporting data.Properties provided with each sequence include: “Accession”, “Species”, “Genus”, “Family”, “Length”, “Authors”, “Publications”, “GeographicLocation”, “DetailedGeographicLocation”, “Host”, “Sequence”, “CollectionDate”, “ReleaseDate”, “InclusionDate”, “SequenceType”, “NucleotideStatus”, “GenBankTitle”, “IsolationSource” and “BioSample”. Additional content elements include: “CollectionHistogram”, a DateHistogram of when the sequences were collected; “ReleaseHistogram”, a DateHistogram of when the sequences were released to the public; “InclusionHistogram”, a DateHistogram of when the sequences were included in the source for this data; AffectedLocations", a world map showing where these sequences were collected.

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Protein Sequences for the SARS-CoV-2 Coronavirus

Protein sequences of the SARS-CoV-2 virus (the virus associated with the Covid-19 disease, formerly known as 2019-nCoV) including location, collection time and similar supporting data. Properties provided with each sequence include: “Accession”, “Species”, “Genus”, “Family”, “Length”, “Authors”, “Publications”, “GeographicLocation”, “DetailedGeographicLocation”, “Host”, “Sequence”, “CollectionDate”, “ReleaseDate”, “InclusionDate”, “GenBankTitle”, “ProcessedTitle”, “SequenceType”, “ProteinStatus”, “IsolationSource” and “BioSample”. Additional content elements include: “CollectionHistogram”, a DateHistogram of when the sequences were collected; “ReleaseHistogram”, a DateHistogram of when the sequences were released to the public; “InclusionHistogram”, a DateHistogram of when the sequences were included in the source for this data; AffectedLocations", a world map showing where these sequences were collected.

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CDC Primers for SARS-CoV-2 Research

Properties provided with each primer include: “Name”, “Description”, “Oligonucleotide Sequence”, “Label”, “Working Concentration”, and “Sequence String” and “Forward Matching Pattern”. Primers provided by the US Centers for Disease Control and Prevention (CDC) for identifying SARS-CoV-2 for research purposes, including the names, sequences, working concentration, and related information

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➔ Hôpitaux

France

Données hospitalières relatives à l’épidémie de Covid-19

  • Source : Santé publique France
  • Description : Le jeu de données renseigne sur la situation hospitalières concernant l’épidémie de Covid-19. Quatre fichiers sont proposés. Ils correspondent respectivement: (i) aux données hospitalières par département et sexe du patient, (ii) aux données hospitalières par région et classe d’âge du patient, (iii) aux données hospitalières quotidiennes par département du patient, (iv) données relatives aux établissements hospitaliers par département.

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À propos des anomalies dans les données hospitalières relatives à l’épidémie de Covid-19

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Nombre de personnes actuellement en réanimation ou soins intensifs pour Covid-19 (GÉODES)

  • Source: Santé publique France
  • Description: Nombre de personnes actuellement en réanimation ou soins intensifs pour cause de Covid-19, à l’échelle régionale ou à l’échelle départementale,

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Données des urgences hospitalières et de SOS médecins relatives à l’épidémie de Covid-19

  • Source: Santé publique France

  • Description: Quatre fichiers sont proposés: (i) les données quotidiennes de SOS médecins et des urgences hospitalières par département, sexe et tranche d’âge des patients, (ii) les données quotidiennes de SOS médecins et des urgences hospitalières par région, sexe et tranches d’âge des patients, (iii) les données quotidiennes de SOS médecins et des urgences hospitalières à l’échelle de la France, par sexe et tranches d’âge des patients, (iv) les données hebdomadaires de SOS médecins et des urgences hospitalières par département et par tranches d’âge des patients.

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Entrepôt de Données de Santé APHP

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➔ Tests

France

Suivi des tests en France

  • Source: Santé Publique France. Les données brutes sont sans doute consignées ici.
  • Description: Sélectionner le second onglet. Nombre de tests PCR en laboratoires de ville, réalisés et positifs. Données agrégées et statifiées par classes d’âges.

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Données relatives aux tests de dépistage de Covid-19 réalisés en laboratoire de ville

  • Source: Santé publique France

  • Description: Le jeu de données renseigne sur le nombre de tests de dépistage de la Covid-19 réalisés par les laboratoires de villes, par département et par sexe (nombre de tests réalisés; nombre de tests positifs). Un fichier quotidien et un fichier hebdomadaire sont proposés. :::warning Depuis le 29 mai 2020, ce jeu de données n’est plus mis à jour. Le système d’information national (SI-DEP) de dépistage de la Covid-19 est désormais le système qui fait référence, voir la note là".

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Données relatives aux résultats des tests virologiques Covid-19 (SI-DEP)

  • Source: Source: Santé publique France

  • Description (extraite du site le 12/06): Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

    La création de ce système d’information est autorisée pour une durée de 6 mois à compter de la fin de l’état d’urgence sanitaire.

    Le jeu de données renseigne, aux échelles départementale et régionale:

    • le nombre de personnes testées et le nombre de personnes déclarées positives par classe d’âge (quotidien et hebdomadaire);
    • le nombre de personnes positives sur 7 jours glissants.

    Le jeu de données renseigne aussi, à l’échelle nationale:

    • le nombre de personnes testées et le nombre de personnes déclarées positives par sexe et classe d’âge (quotidien et hebdomadaire).

    Le taux de positivité correspond au nombre de tests positifs rapportés au nombre de tests réalisés. Il est calculé de la manière suivante: 100 fois le nombre de test positif divisé par le nombre de tests réalisés. Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient, alors la première date pour laquelle les PCR ont le même résultat est conservée. Si les PCR sont discordantes chez un même patient (négative et positive), alors la première PCR positive est conservée.

    De plus, seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SI-DEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.

    Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

    Pour en savoir plus consultez la note méthodologique.

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Liste complète des tests Covid-19 existants, Ministère des Solidarités et de la Santé

  • Source: Ministère des Solidarités et de la Santé

  • Description: Liste complète des tests de détection moléculaire de SARS-CoV-2 et des tests sérologiques. Contient: – nom, fabricant, distributeur, marquage CE et évaluation CNR, type de test, point de vigilance, informations complémentaires; – contexte juridique des tests; – outil de visualisation.

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Tests pour le diagnostic des infections par le SARS-CoV-2: synthèse de l’Institut Pasteur

  • Source: Institut Pasteur
  • Description: Synthèse à destination de la presse et du grand public sur les tests pour le diagnostic des infections par le SARS-CoV-2.

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Tests pour le diagnostic des infections par le SARS-CoV-2: synthèse de la Société Française de Microbiologie

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Coronavirus Testing Basics (FDA)

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Monde

Our World in Data Initiative

  • Source: Our World in Data, soutenue par la Oxford Martin School, dont la mission est présentée là.
  • Description: – cas et décès confirmés (à partir d’extraction de données depuis le European CDC); – données relatives aux campagne de test (détails sur les sources de données là).

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Our World in Data Initiative

  • Source: Our World in Data est un site global de données élaboré grâce à une collaboration entre des chercheurs de l’Université d’Oxford, qui sont les éditeurs scientifiques du contenu du site Web et l’organisation à but non lucratif Global Change Data Lab, qui publie et gère le site Web et les outils de données.est un site global de données élaboré grâec à une collaboration entre des chercheurs de l’Université d’Oxford, qui sont les éditeurs scientifiques du contenu du site Web et l’organisation à but non lucratif Global Change Data Lab, qui publie et gère le site Web et les outils de données.
  • Description:
    • rubriques décès, cas, tests et mortalité, graphiques interactifs. Mise à jour quotidienne;
    • données présentées et mises à disposition dans ce dépôt.

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➔ Visualisation

France

Données Environmental Systems Research Institute (ESRI) France

  • Source: Multiples, mises en formes et en cartes par ESRI France.
  • Description: Cartographies diverses et variées sur le thème de Covid-19. – En milieu de page, liens vers diverses cartes représentant l’évolution de la maladie dans plusieurs pays. – En bas de page, liens vers diverses cartes compilées à partir de bases de données pertinentes. – Dernière mise à jour : 13/04/2020

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Visualisation de l’évolution de l’épidémie en France et dans le monde (Le Monde)

  • Source (extrait le 14/05): “Les données de cet article de suivi sont automatiquement mises à jour toutes les nuits avec les chiffres consolidés de la veille par l’université Johns-Hopkins, dont le suivi fait référence. Les données françaises sont, elles, actualisées vers 19 heures tous les soirs.” La base de données entretenue par Johns-Hopkins est par ailleurs référencée ici.
  • Description: “La situation en France et à l’étranger, synthétisée par Le Monde en cartes et en graphiques et actualisée chaque jour.”

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Science-Po Media-Lab

  • Source: Données issues de ce site (référencé sur cette page).
  • Description: Application permettant de visualiser des séries chronologiques diverses en lien avec l’épidémie Covid-19.

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Graphical representations of the evolution of Covid-19

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CovidTracker

  • Source: Guillaume Rozier, à partir des données de Santé Publique France et de l’INSEE.

  • Description: “CovidTracker France permet de suivre l’épidémie de Coronavirus et la maladie associée, la Covid-19, en France et dans ses régions.” Les cartes suivantes sont mises à jour quotidiennement vers 19h: – carte Activité épidémique; – carte Vue d’ensemble; – cartes Activité du virus (taux de reproduction R effectif, tests positifs, répartition des cas en fonction de l’âge); – cartes Indicateurs épidémiques (circulation du virus, saturation hospitalière); – carte Hospitalisations et réanimations liées à la Covid-19; – carte Décès dus à la Covid-19.

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Visualisation Covid-19

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Europe

Coronavirus tracked, par le Financial Times

  • Sources: Multiples, mais principalement issues de ce site (référencé sur cette page).
  • Description: “The FT analyses the scale of outbreaks and the number of deaths around the world”. Très nombreux graphiques, dont par exemple (en date du 22/05):
    • daily deaths of patients diagnosed with coronavirus (7-day rolling average)
    • has your country’s pandemic peaked? (the interactive chart allows to explore data about the pandemic to better understand the disease’s spread and trajectory in countries around the world)
    • death rates have climbed far above historical averages in many countries that have faced Covid-19 outbreaks
    • mortality rates have soared in urban areas worldwide, with overall excess deaths much higher than reported Covid-19 counts
    • global responses to the pandemic (Oxford Covid-19 government response stringency index)
    • exiting lockdowns (from business closures to movement restrictions, some countries’ policies show first signs of easing; follow the changes using the interactive tool)
    • mapping the coronavirus oubreak
    • coronavirus situation in Europe
    • coronavirus situation in the US

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Monde

Covid-19 Data Repository by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University

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Visualisation de l’évolution de l’épidémie en France et dans le monde (Le Monde)

  • Source (extrait le 14/05): “Les données de cet article de suivi sont automatiquement mises à jour toutes les nuits avec les chiffres consolidés de la veille par l’université Johns-Hopkins, dont le suivi fait référence. Les données françaises sont, elles, actualisées vers 19 heures tous les soirs.” La base de données entretenue par Johns-Hopkins est par ailleurs référencée ici.
  • Description: “La situation en France et à l’étranger, synthétisée par Le Monde en cartes et en graphiques et actualisée chaque jour.”

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Maps & Trends by Johns Hopkins University & Medicine Follow global cases and trends. Updated daily.

  • Source et description: voir ici.

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Covid-19 Dashboard by CSSE/Johns Hopkins

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Coronavirus tracked, par le Financial Times

  • Sources: Multiples, mais principalement issues de ce site (référencé sur cette page).
  • Description: “The FT analyses the scale of outbreaks and the number of deaths around the world”. Très nombreux graphiques, dont par exemple (en date du 22/05):
    • daily deaths of patients diagnosed with coronavirus (7-day rolling average)
    • has your country’s pandemic peaked? (the interactive chart allows to explore data about the pandemic to better understand the disease’s spread and trajectory in countries around the world)
    • death rates have climbed far above historical averages in many countries that have faced Covid-19 outbreaks
    • mortality rates have soared in urban areas worldwide, with overall excess deaths much higher than reported Covid-19 counts
    • global responses to the pandemic (Oxford Covid-19 government response stringency index)
    • exiting lockdowns (from business closures to movement restrictions, some countries’ policies show first signs of easing; follow the changes using the interactive tool)
    • mapping the coronavirus oubreak
    • coronavirus situation in Europe
    • coronavirus situation in the US

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Visualisation de l’épidémie en gnuplot

  • Source: Données du European Center for Disease Prevention and Control, site référencé sur cette page, ici.
  • Description: Séries de graphiques implémentés en gnuplot et mis à jour quotidiennement

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What Happens Next?, Covid-19 Futures, Explained With Playable Simulations

  • Source: Marcel Salathé (epidemiologist) & Nicky Case (art/code).

  • Description: Popularisation artistique avec simulations interactives.

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Graphical representations of the evolution of Covid-19

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