Vous retrouverez cette lettre ainsi que les précédentes sur la page dédiée du site de MODCOV19.

Éditorial

En cette fin d’année universitaire, nous tenons à remercier les quelques 600 chercheuses et chercheurs qui se sont déclarés mobilisables pour contribuer à la réponse à la crise sanitaire de la Covid-19 via leur inscription à la plateforme MODCOV19, depuis son lancement en mars 2020. Si le nombre est impressionnant, force est de constater que l’intégration de cette communauté dans le paysage complexe de la gestion de crise peut être grandement améliorée, notamment par la création de liens entre modélisateurs et acteurs de la santé au sens très large.

A la rentrée prochaine, la plateforme MODCOV19 évoluera vers une forme que nous espérons propice au maintien d’une communauté large de modélisateurs et modélisatrices aux intérêts variés liés à l’épidémiologie des maladies infectieuses, à la compréhension de la transmission et de l’évolution virale, aux méthodes permettant d’améliorer les pronostic, diagnostic et suivi des patients, ou encore, aux modèles permettant une compréhension fondamentale des multiples facettes de la gestion de crise (logistique, économique, sociale…).

Le groupe de travail mensuel est suspendu, mais les enregistrements déjà en ligne resteront disponibles pour les chercheurs inscrits à MODCOV19. Il sera remplacé par des rencontres thématiques moins fréquentes mais en présentiel ou hybrides. D’autres activités seront proposées afin de créer ou soutenir des liens entre approches fondamentales et applications.

En attendant la mise en place de ces changements, vous trouverez dans cette lettre les résultats de l’appel à financement de contrats post-doctoraux conjoint INSMI-MODCOV19, un travail mis en avant ce mois-ci portant sur l’importance du contexte épidémiologique dans la dynamique de nouveaux variants et diverses annonces d’emplois et de rencontres. Bonne lecture, bel été, et au plaisir de vous retrouver en septembre !

L’équipe de coordination de MODCOV19

Résultats de l’appel INSMI-MODCOV19 2022

Les projets retenus suite à l’appel INSMI-MODCOV19 2022 pour le financement de contrats post-doctoraux sont les suivants :

  • Modélisation mathématique et statistique de la dynamique multiéchelle pour les coinfections virales-bactériennes: l’impact de la résistance aux antibiotiques - Raluca Eftimie (Université Bourgogne Franche-Comté, LMB),
  • Modélisation de la respiration de patients et patientes nécessitant une assistance respiratoire - Céline Grandmont (Inria, LJLL),
  • Patrons spatiaux et situationnels pour l’épidémiologie du SARS-CoV-2 - Mircea Sofonea (Université de Montpellier, MIVEGEC).

Travaux des membres de MODCOV19

Selection for infectivity profiles in slow and fast epidemics, and the rise of SARS-CoV-2 variants, François Blanquart (CNRS), Nathanaël Hoze (Institut Pasteur), Benjamin J. Cowling (Université de Hong-Kong), Florence Débarre (CNRS) et Simon Cauchemez (Institut Pasteur). Lire la fiche.

Ce travail développe un cadre analytique pour étudier la contribution de l’avantage en nombre d’infections secondaires, R, et du temps de génération à la croissance d’un variant. Il montre notamment que les variants conférant une transmission précoce sont plus fortement favorisés lorsque les souches historiques ont une croissance épidémique rapide, tandis que les variants conférant une transmission tardive sont plus fortement favorisés lorsque les souches historiques ont une croissance lente ou négative.

Appels à candidatures

Contrat post-doctoral en virologie

Un financement de contrat post-doctoral de deux ans est ouvert à la candidature pour un recrutement dans le groupe “Mathematical modeling and numerical analysis” de l’Académie des sciences de Bulgarie. Le projet porte sur la modélisation mathématique de la dynamique intra-hôte du VIH et son contrôle optimal grâce à la thérapie antirétrovirale. Les candidatures sont ouvertes jusqu’au 26 juillet 2022. Plus d’informations.

Contrat post-doctoral en modélisation des maladies infectieuses

Un financement de contrat post-doctoral conjoint entre l’Institut Pasteur et le Conservatoire national des arts et métiers (Cnam) est ouvert à la candidature pour un recrutement au sein des équipes de Laura Temime et Lulla Opatowski. Le projet porte sur l’étude, par la modélisation mathématique et l’analyse de données de surveillance nationale, de la manière dont l’épidémie de Covid-19 a impacté les niveaux de résistance aux antibiotiques dans les hôpitaux. Les candidatures seront examinées au fil de l’eau jusqu’au recrutement. Plus d’informations.

Financement de doctorat en épidémiologie végétale

Un financement de doctorat conjoint entre INRAE et l’Anses est ouvert à la candidature pour un démarrage en octobre 2022 au sein de l’équipe CAMEPI de l’UMR PHIM. Le projet porte principalement sur l’analyse de plusieurs dispositifs d’épidémio-surveillance, et sur l’évaluation prospective de leur efficience épidémio-économique via l’implémentation de stratégies de gestion individuelles dans un modèle de simulation d’épidémies au sein d’un paysage agricole. Plus d’informations.

Offres d’emploi IRD/INRAE/CNRS/Université de Montpellier

De nombreuses offres de contrats post-doctoraux et autres contrats à durée déterminée en épidémiologie et écologie des communautés sont référencées sur le site internet de l’unité Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MiVEGEC).

Conférences et séminaires

Session spéciale sur la modélisation et surveillance des épidémies

Une session spéciale “Modélisation et surveillance des épidémies” sera organisée lors du colloque francophone biennal de traitement du signal et des images (Gretsi), dont la 28ème édition se tiendra à Nancy du 5 au 9 septembre 2022. Cette session donnera la parole à des équipes de recherche dont les travaux se sont intéressés à la modélisation et surveillance des pandémies, sans restriction à la pandémie de Covid-19. Elles présenteront leurs résultats, les avancées permises, mais aussi les difficultés rencontrées, donnant l’occasion de discuter des complexités inhérentes à l’exercice de la recherche dans un contexte d’urgence et de crise sociétale. Plus d’informations.

Journées sur l’assemblage de génomes et la détection de variants

En partenariat avec l’unité Acquisition et analyse de données pour l’histoire naturelle (2AD) du Muséum national d’histoire naturelle (MNHN), les groupements de recherche Approche interdisciplinaire de l’évolution moléculaire (AIEM), Bioinformatique moléculaire (BIM) et Génomique environnementale (GE) organisent deux journées thématiques pour faire le point sur l’assemblage de génomes de haute qualité et la détection de variants. Cet évènement “From sequence reads to genomes and populations” se déroulera dans l’auditorium de la grande galerie de l’évolution du MNHN à Paris, les 21 et 22 septembre 2022. Plus d’informations.

Première édition des journées du GDR MathSAV

Les premières journées “Math bio santé” du GDR MathSAV et du groupe thématique Mabiome de la SMAI auront lieu du 3 au 7 octobre 2022 à Besançon. Elles seront organisées conjointement avec les journées du consortium EpiMaths (Région Bourgogne-Franche-Comté). Elles consisteront en une école scientifique (3-5 octobre) suivie d’un colloque (5-7 octobre). Plus d’informations.

Conférence sur la science et la technologie intelligente

La troisième conférence internationale sur la science et la technologie intelligente se tiendra à Mexico les 27 et 28 octobre 2022. Elle portera sur la recherche opérationnelle et l’aide à la prise de décision dans les structures de soins. Plus d’informations.

Conférence sur les grandes données et l’intelligence artificielle

The Lancet Digital Health, eBioMedicine et The Lancet Regional Health – Western Pacific organisent “The Lancet summit: Big data and artificial intelligence in pandemic preparedness”, une conférence qui se tiendra en ligne les 27 et 28 octobre 2022. Les inscriptions sont ouvertes jusqu’au 25 octobre. Plus de détails.

Transmettre des informations

Les propositions d’annonce pour cette lettre peuvent être transmises à l'adresse contact par un message dont l’objet contient [lettre]. Proposer n’implique pas être publié, et publication ne vaut pas caution scientifique.