BLANQUART François (CNRS), HOZE Nathanaël (Institut Pasteur), COWLING Benjamin J. (Université de Hong-Kong), DEBARRE Florence (CNRS) et CAUCHEMEZ Simon (Institut Pasteur)
https://doi.org/10.7554/eLife.75791
Il est essentiel d’évaluer les caractéristiques des variants préoccupants émergents du SARS-CoV-2 afin d’éclairer l’évaluation du risque pandémique. Un variant peut croître plus rapidement s’il produit un plus grand nombre d’infections secondaires (avantage en R) ou si le moment des infections secondaires (temps de génération) est meilleur. Jusqu’à présent, les études se sont largement concentrées sur le calcul de l’avantage en nombre d’infections secondaires en supposant que le temps de génération était inchangé. Pourtant, la connaissance des deux est nécessaire pour anticiper l’impact d’un nouveau variant. Nous développons ici un cadre analytique pour étudier la contribution de l’avantage en nombre d’infections secondaires (R) et du temps de génération à la croissance d’un variant. Il était déjà connu que la sélection d’un variant avec un R plus élevé augmente avec les niveaux de transmission dans la communauté. Nous montrons en outre que les variants conférant une transmission précoce sont plus fortement favorisés lorsque les souches historiques ont une croissance épidémique rapide, tandis que les variants conférant une transmission tardive sont plus fortement favorisés lorsque les souches historiques ont une croissance lente ou négative.
Nous développons ces idées conceptuelles dans un nouveau cadre statistique pour déduire à la fois l’avantage R et le temps de génération d’un variant. Sur des données simulées, notre méthode estime correctement les deux paramètres quand il est possible de couvrir des périodes caractérisées par différents contextes épidémiologiques. Appliqué aux données des variants Alpha et Delta en Angleterre et en Europe, nous constatons qu’Alpha confère un avantage R de +54% [IC 95%, 45-63%] par rapport aux souches précédentes, et Delta de +140% [98-182%] par rapport à Alpha, et que les temps de génération moyens sont similaires aux souches historiques pour les deux variants. Ces travaux aident à interpréter la dynamique de la fréquence des variants et renforceront l’évaluation des risques pour les futurs variants préoccupants.
Blanquart F., Hozé N., Cowling B. J., Débarre F., Cauchemez S. (2022). Selection for infectivity profiles in slow and fast epidemics, and the rise of SARS-CoV-2 variants. eLIFE, 11:e75791.