URL
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.11.25.20238600v1
Type d’article
Preprint
Thème
Stratégies de contrôle
Autre : Simulation de la propagation
Que retenir de cet article, en 1-2 phrases ?
Il s’agit de la description d’un modèle individu-centré assez complet car il prend en compte : (i) les différents états vis-à-vis de l’infection, (ii) la structure de contacts, avec une représentation de la propagation dans les foyers, (iii) la mobilité des individus entre régions. Les paramètres et le R0 sont estimés à partir de données en Italie, en Espagne et au Royaume-Uni.
Objectifs de l’étude / Questions abordées
L’objectif de l’étude est d’estimer certains paramètres de l’infection, tels que le taux de létalité en fonction de l’âge. Elle vise également à reproduire la propagation spatio-temporelle de l’infection en tenant compte des mesures de distanciation et de confinement. Un tel modèle pourrait, d’après les auteurs, être un candidat potentiel pour explorer la dynamique du SARS-CoV-2 dans d’autres contextes, tels que les pays en développement.
Méthode
Modèle stochastique individu-centré (simulation par algorithme de Gillespie)
Matrice de contact avec représentation explicite des infections en foyer
Bayesian Optimization for Likelihood Free Inference
Résultats principaux
Comparaison entre les cas prédits et observés pour les trois pays : bonne concordance pour l’Italie et le Royaume Uni, moins bonne pour l’Espagne, en raison d’après les auteurs d’une moins bonne représentation de la mobilité entre les régions.
Estimation pour chacun des pays d’une valeur relative (au groupe d’âge 80+) de la susceptibilité par classe d’âge.
Estimation de R0 : 3,9 (RU), 4,1 (Italie), 4,3 (Espagne), avec IC à 95%.
Commentaire / brève évaluation, limites, ouvertures possibles
Article bien écrit, qui se lit donc facilement.
Modèle très complet sur la dynamique spatio-temporelle du SARS-CoV-2.
Nécessite cependant, pour aller au fond des choses, de bien “fouiller” le Supplementary Material