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https://doi.org/10.1101/2020.09.04.20188516

Type d’article

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Thème

Infectiologie

Que retenir de cet article, en 1-2 phrases ?

Pour les individus symptomatiques, le moment (timing) de transmission de SARS-CoV-2 est plus fortement lié au moment auquel les symptômes se déclarent qu’au temps depuis l’infection. La fraction de transmission pré-symptomatique est élevée ; de même, beaucoup de transmissions ont lieu le jour où les symptômes se déclarent ou le jour suivant, d’où l’importance de s’isoler dès les premiers symptômes.

Objectifs de l’étude / Questions abordées

Déterminer la distribution des temps auxquels la transmission de SARS-CoV-2 a lieu, et identifier si ces temps dépendent plutôt du temps depuis l’infection ou bien du temps depuis le début des symptômes.

Méthode

Ajustement de distributions à des données pour quantifier

  • le temps de génération (intervalle de temps entre l’infection d’un cas primaire et l’infection par ce cas d’un cas secondaire)
  • le TOST, temps entre le début des symptômes et l’infection d’un cas secondaire. Des données de la littérature sont utilisées pour le déterminer le temps d’incubation.

Données : quatre jeux de données sur des paires de cas primaire-secondaire, avec les informations sur la date de début des symptômes pour cas primaire et secondaire, ainsi que des informations partielles sur les temps possibles d’infection. Un jeu de données avec des intervalles sériels uniquement est aussi utilisé.

Résultats principaux

  • Inférence de la distribution des temps entre le début des symptômes et le moment de la transmission : distribution centrée proche de zéro : une partie substantielle de la transmission se fait avant le début des symptômes.
  • Le pic d’infectiosité est plus lié au moment où se déclarent les symptômes qu’au délai depuis l’infection.
  • La queue droite des distributions dépend cependant du comportement des personnes infectées : s’isolant, elles ont moins de chances de transmettre le virus, mais ne sont pas forcément immédiatement moins infectieuses. La période présymptomatique infectieuse est plus longue pour les individus ayant une longue période d’incubation. Dans le cadre de suivi des contacts, il est donc utile d’essayer d’identifier le moment où la transmission a eu lieu, pour estimer combien de jours il faut remonter dans le passé pour identifier des potentiels contacts secondaires.

Commentaire/brève évaluation

L’article expose clairement les différences entre les temps-clés de l’infection et de la transmission (temps d’incubation, temps de génération, temps entre le début des symptômes et la transmission, intervalle sériel), et propose une estimation d’intervalles de temps importants mais peut-être trop négligés jusque là. Les auteurs soulignent l’importance de prendre comme référence le moment où les symptômes se déclarent pour évaluer l’infectiosité des individus symptomatiques, ce qui a des conséquences pour le traçage des contacts, qu’il soit manuel ou numérique (notamment pour ce dernier en ce qui concerne le calcul du risque à l’exposition). Les résultats reposent sur les données de 191 paires de cas primaire-cas secondaire, et on peut regretter de ne pas avoir plus de données précises à ce stade de l’épidémie. Les codes ne semblent pas être partagés.