URL:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.05.23.20111559v1.abstract

Type d’article :
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Thème : Infectiologie

Que retenir de cet article, en 1-2 phrases ? :
Le but de l’article est d’estimer la part R_h de R_0 due aux transmissions intra-foyer, c’est-à-dire R_h = nb d’infections secondaires causées par un cas index à l’intérieur de son foyer. L’estimation tourne autour de 0.4, indiquant une fraction R_h/R_0 des transmissions dues aux transmissions intra-foyer faible (10-15%) en l’absence de confinement, mais très importante (50%) en situation de confinement.

Objectifs de l’étude / Questions abordées :
Le but de l’étude est d’utiliser des données empiriques (contact tracing, blanket testing…) pour estimer R_h, en prenant en compte le fait que le nombre de personnes infectées est sous-estimé du fait de la mauvaise sensibilité de tests de sérologie (paramétrée par le false negative rate FNR) et de la présence d’asymptomatiques (paramétré par asymptomatic rate AR).

Méthode :
Deux autres mesures que R_h sont proposées :

  • SAR = household secondary attack rate = probabilité qu’un cas index i infecte une personne donnée j du même foyer.
  • CRI = household conditional risk of infection = probabilité que j soit infecté sachant que i l’a été.

3 types de données empiriques :

  • 8 papiers calculant SAR : les auteurs de l’article utilisent ces données qu’ils corrigent pour FNR et AR
  • Données de contact tracing de Singapour utilisées pour estimer R_h
  • Données du ‘blanket testing’ de Vo en Italie utilisées pour estimer CRI

Résultats principaux :
Le premier type de données fournit des estimées de SAR et R_h tournant respectivement autour de 0.2 et 0.45 (mais assez différentes selon les 8 articles) Le deuxième type de données (Singapour) fournit une estimée de R_h autour de 0.25 Le troisième type de données (Vo) fournit une estimée de CRI et de R_h tournant respectivement autour de 0.5 et 0.37.

Commentaire/brève évaluation :
Joli papier bien rédigé, estimations avec intervalles de confiance, mais manque un peu de background théorique reliant les 3 mesures (on pourrait imaginer un modèle avec des transmissions intra-foyer et des infections venues de l’extérieur, qui permettrait de relier CRI et SAR). Discussion intéressante sur (la réfutation de) deux théories prétendant que le problème de la transmission intra-foyer n’a pas d’intérêt épidémiologique :

  • inevitability : on ne peut restreindre la transmission intra-foyer
  • containment : les personnes contaminées au sein de leur foyer ne participent pas à l’épidémie à l’extérieur du foyer.