URL
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.05.01.20086801v2
Type d’article
Preprint
Thème
Détection, Tests
Que retenir de cet article, en 1-2 phrases ?
Les tests PCR utilisés pour la détection de la contamination au virus SARS-COV-2 donnent accès à la charge virale de l’individu contaminé. Cet article montre qu’il est possible d’utiliser cette information pour mesurer précisément la prévalence dans une population en utilisant très peu de tests.
Objectifs de l’étude / Questions abordées
L’objectif de cette étude est de montrer que prendre en compte la charge virale mesurée par les tests PCR permet de quantifier avec précision la prévalence dans une population avec une remarquable économie de tests. L’étude utilise également la mesure de la charge virale pour déterminer les meilleures stratégies de pooling, en fonction de la période considérée de l’épidémie (phase de croissance exponentielle, de plateau ou de décroissance exponentielle). Les tests utilisés sont des tests PCR quantitatifs, mesurant avec précision la charge virale dans un échantillon. Ces tests sont utilisés sur des échantillons poolés, c’est-à-dire sur un mélange d’échantillons provenant de plusieurs individus. Chaque test mesure alors la charge virale moyenne parmi les individus.
Méthode
Une épidémie est simulée à l’aide d’un modèle de type SEIR reproduisant la dynamique typique d’une épidémie COVID19. La charge virale d’un individu infecté est supposée croître à taux exponentiel jusqu’à atteindre une valeur maximale. À cet instant, les symptômes peuvent se déclencher, et la charge virale est ensuite supposée diminuer à un rythme exponentiel plus lent. Des variations sur le logarithme de la charge virale sont tirées selon des lois normales.
Résultats principaux
Les auteurs montrent qu’en utilisant un petit nombre de tests, il est possible, en prenant en compte les informations de charges virales apportées par les tests, d’obtenir une estimation précise et robuste de la prévalence dans la population, à un ordre de grandeur près de l’ordre du millième de la population.
Ils montrent également que l’utilisation du pooling pour le diagnostic permet généralement, à nombre de tests donné identique, d’augmenter le nombre de diagnostics établis. Cependant, cette méthode est la plus efficace lors de la phase de croissance épidémique, lorsque la plupart des individus contaminés ont été contaminés il y a peu de temps. En effet, sous cette condition, la charge virale moyenne des individus contaminés est plus grande, ce qui diminue le risque de faux négatifs.
Commentaire / brève évaluation, limites, ouvertures possibles
Ces résultats soulignent la puissance des méthodes de pooling pour le suivi épidémiologique (mesure de la prévalence dans la population) ainsi que pour le diagnostic (détection des individus contaminés). Ils montrent également que l’information contenue dans la charge virale des individus contaminés peut être extraite pour améliorer les méthodes de mesures.