Vous retrouverez cette lettre ainsi que les précédentes sur la page dédiée du site de MODCOV19.

Éditorial

Il y a un an, près de 200 chercheurs et chercheuses, de disciplines et d’institutions variées, répondaient en quelques jours à l’appel à compétences lancé par MODCOV19 afin de mobiliser les forces vives de la recherche en modélisation pour aider à la compréhension des multiples facettes de l’épidémie de Covid-19. Aujourd’hui, vous êtes plus de 500 à recevoir cette lettre et à pouvoir participer aux activités de la plateforme en assistant aux séances du groupe de travail, en contribuant à la veille bibliographique, ou en nous tenant au courant de vos travaux sur la Covid-19. Merci à toutes et tous pour votre soutien et votre intérêt. Continuons à avancer ensemble pour développer un réseau pérenne de compétences pluridisciplinaires !

Groupe de Travail

  • 6 avril, 14h : “Evolution de SARS-CoV-2 : Génomique, Phylogénétique, Phylodynamique”

    Au programme de cette séance :

    • 14h - 14h45 : Introduction à la phylogénomique de SARS-CoV-2 et son utilisation pour comprendre la dynamique de l’épidémie, Nicolas Bierne (ISEM, Montpellier)
    • 14h45 - 15h05 : Phylodynamique de pathogènes : comment des pathogènes émergents se propagent-ils dans l’espace et dans le temps ?, Julien Thézé (EPIA, Clermont-Ferrand)
    • 15h05 - 15h30 : Estimation phylodynamique des contributions de mutations individuelles à la propagation de SARS-CoV-2, Bastien Boussau (LBBE, Lyon)
    • 15h30 - 16h00 : Discussion générale

    Plus de détails via la page du GT.

  • Les prochaines séances du groupe de travail sont prévues pour les 4 mai et 18 mai, à partir de 14h.

Veille bibliographique

Les fiches bibliographiques rédigées par les membres de MODCOV19 sont accessibles via cette page dédiée du site de MODCOV19.

Si vous souhaitez participer à cet effort collectif, vous trouverez les instructions sur cette page, dans la partie du site web accessible aux membres de MODCOV19.

La participation à la veille bibliographique reste faible, notamment parmi les stagiaires ou les doctorant·e·s. Il nous semble pourtant que cette activité est formatrice puisqu’elle permet de donner un aperçu des différentes approches d’un sujet et d’apprendre à structurer un résumé dans un format fixé. Bien sûr, la rédaction d’une fiche par un·e étudiant·e nécessite un travail de relecture de la part de son encadrant·e, mais cette activité pourrait être bénéfique en terme de formation. Si vous êtes intéressé·e·s pour proposer à vos étudiant·e(s) de rédiger quelques fiches (nombre à fixer) sur un sujet précis relié à la modélisation de l’épidémie de Covid-19, n’hésitez pas à nous contacter à covid@math.cnrs.fr (objet contenant le mot [biblio]). Nous aurons alors besoin de quelques mots-clés afin de vous proposer une sélection d’articles.

(Pré-)publications des membres de MODCOV19

Les membres de MODCOV19 sont invités à continuer à informer le comité de coordination de leurs (pré)publications. Les détails de la procédure, et les travaux déjà signalés, sont disponibles sur https://modcov19.math.cnrs.fr/prepublications/.

Appels à projets

Financement de postdoc MODCOV19

La plateforme MODCOV19 lance prochainement un appel à projet pour le financement d’un contrat post-doctoral, avec le même spectre de thématiques que pour le financement de thèse mentionné dans la lettre précédente.

Les informations sur ce nouveau financement seront envoyées par message électronique à la liste MODCOV19. Elles seront aussi affichées sur le site web MODCOV19.

PEPS (Projets Exploratoires Premier Soutien) “Mathématiques de la santé”

Date limite : 25 juin 2021.

L’Agence pour les Mathématiques en Interaction avec l’Entreprise et la Société (AMIES) lance un appel PEPS “Mathématiques de la santé”. Il s’agit de co-financements de projets de recherche avec une entreprise. Les cibles prioritaires (mais non exclusives) d’AMIES sont les petites entreprises (TPE, PME, ETI). Un partenariat avec une institution hospitalière peut aussi être envisagé.
La date limite de dépôt des projets est fixée au 25 juin 2021. La notification des résultats sera faite à partir du 5 juillet 2021. Le texte de l’appel est disponible ici. Les dossiers sont à déposer via ce formulaire.

Appel à projets franco-allemand en matière d’Intelligence Artificielle

Date limite : 29 Avril

Les projets pourront notamment répondre aux problématiques liées à ces trois domaines d’application :

  • Santé : détection précoce des épidémies, simulations de stratégies de confinement, etc. ;
  • Économie : accompagnement de la transformation temporaire des lignes de production, sécurisation et optimisation de la chaîne logistique, maintien du lien à distance avec le client, etc. ;
  • Environnement : détection et prévention des crises environnementales, lutte contre l’artificialisation des sols, utilisation raisonnée des intrants en agriculture, etc.

Plus de détails ici.

Appels à Projets d’Horizon Europe

Le programme Horizon Europe inclut différentes actions susceptibles d’intéresser les équipes de MODCOV19.

  • Le programme Santé (cluster 1) inclut une action visant à soutenir le développement de cohortes et de réseaux Covid-19 à grande échelle au-delà des frontières de l’Europe, en établissant des liens avec les initiatives européennes dans le cadre d’une réponse globale à la pandémie, dont un aperçu est disponible ici.
  • Le programme « infrastructure » comprend deux appels en lien avec la pandémie, présentés ici.

Les textes complets seront publiés le 6 avril. Le point de contact national (PCN) organise une réunion d’information le 13 avril à 10h. Si vous souhaitez recevoir les informations concernant ces actions, vous pouvez envoyer un mail à insb.europe@cnrs.fr.

Workshops et événements scientifiques

Séminaire sur la mortalité par Covid-19, 9 avril 2021

Le CépiDc organise avec ses partenaires un séminaire le 9 avril 2021 de 14h à 16h30 sur la mortalité par Covid-19. Le séminaire sera l’occasion de préciser l’état d’avancement du traitement des données et des modalités pour y accéder, mais aussi de présenter les premiers résultats obtenus sur la description de la distribution de la surmortalité globale et par cause, et notamment de la distribution de la mortalité avec contribution de la Covid-19. Le séminaire se déroulera sous forme de visioconférence Teams, via ce lien. Le programme est accessible à l’adresse suivante.

« La Covid-19: regards et questions interdisciplinaires », 15 avril 2021

L’Institut Rhônalpin des Systèmes Complexes lance un cycle de séminaires dont l’esprit et le programme sont détaillés sur cette page.

La séance inaugurale aura lieu le jeudi 15 avril de 14h à 15h avec un exposé d’Alain Fischer, professeur d’immunologie et président du Conseil d’orientation de la stratégie vaccinale, intitulé « Comment se défend-on contre le SARS-CoV-2 ? ». Lien pour le webinaire.

Rencontres du Newton Gateway, 19-20 et 26-28 avril 2021

The Newton Gateway is playing a key role in the RAMP Continuity Network (a UKRI funded project) and will deliver a series of meetings, workshops and virtual study groups. The aim of this will be to ensure scientific networking to help maintain strong communication links among RAMP-initiated projects, and further develop links between these and the wider modelling community around Covid-19.

19th – 20th April 2021 - Evolutionary Implications of the Covid-19 Vaccination (programme)
26th – 28th April 2021 - Environmental and Aerosol Transmission of Covid-19 (programme)

Ecologie & Evolution of Infectious Diseases 2021, 14-17 juin 2021

La conférence “Ecologie & Evolution of Infectious Diseases” se tiendra en format virtuel du 14 au 17 juin 2021, et elle sera gratuite.

Une première phase d’inscription est ouverte du 2 au 30 avril 2021, uniquement pour les personnes souhaitant soumettre un poster.

Toutes les informations sont décrites sur le site de l’EEID2021.

Les inscriptions pour les personnes ne souhaitant pas soumettre de poster, ou dont le poster n’aurait pas été retenu, auront lieu du 18 mai au 7 juin.

Annonces

Recrutement postdoc (1)

Two post-doctoral positions in mathematical modelling of infectious diseases of 24 months each are available to work in Paris between Institut Pasteur and Inserm (Hôpital Bichat) within the European project ORCHESTRA.

The post-holders will work on the mathematical modelling of Covid-19 transmission in the community through the development of a multi-scale model combining both within- and the between-host viral dynamics.

Applicants should have a PhD in infectious disease epidemiology, mathematical modelling, biostatistics or computational biology. They should have a strong background in computer programming, modelling and statistics, and excellent communication skills. Experience in infectious disease epidemiology would be an advantage.

The appointments will start as soon as possible, applications will be considered as they are received.

Interested candidates should send their application (CV including list of publications, motivation letter and names of two referees) to Lulla Opatowski (lulla.opatowski@pasteur.fr) and Jérémie Guedj (jeremie.guedj@inserm.fr). Applications will be evaluated continuously until both positions are filled.

More information about our labs: Lulla Opatowski, Jérémie Guedj.

Recrutement postdoc (2)

Hervé le Meur et Youcef Mammeri (Université de Picardie) recrutent un post-doctorant ou une post-doctorante pour travailler sur la modélisation de la propagation spatiale du SARS-COV-2 en prenant en compte l’environnement physique et social.
La personne recrutée vivra dans un environnement multidisciplinaire entre math (LAMFA UMR 7352), socio (CURAPP UMR 7319) et médecine (CHU Amiens).
Détails ici.

Transmettre des informations

Les propositions d’annonce pour cette lettre peuvent être transmises à l'adresse contact par un message dont l’objet contient [lettre]. Proposer n’implique pas être publié, et publication ne vaut pas caution scientifique.