Éditorial

Chères et chers collègues,

Vous avez souhaité être membre de la plateforme d’expertes et experts en modélisation autour de la Covid-19. À ce titre, vous êtes inscrits à la liste de diffusion modelisation_covid@math.cnrs.fr

Vous recevrez dans les jours qui viennent une invitation à répondre à un questionnaire que nous avons souhaité aussi court que possible. Nous vous serions reconnaissants de le remplir, il est utile à deux titres :

  • Les compétences que vous souhaitez partager seront indiquées sur la partie « projet » de notre site, cette partie ne sera accessible qu’aux membres de la plateforme à l’aide des identifiants Renater (souvent les identifiants intranet de vos établissements) ;
  • Les autres informations nous seront utiles pour répondre à des appels à compétences ou demandes de mises en relation.

Une partie importante de cette lettre est dédiée à un recensement d’enquêtes diverses dont les résultats pourraient être intéressants pour des études de modélisation. MODCOV19 n’a aucune responsabilité quant aux méthodologies ou résultats de ces enquêtes.

Dans un message commun, le Comité d’éthique du CNRS et la Mission à l’intégrité scientifique du CNRS rappellent les principes inhérents à la recherche scientifique et biomédicale dans ces temps de crise sanitaire.

Si vous avez besoin de données, nous attirons votre attention sur le Health Data Hub présenté dans la section source de données.

Enfin, continuez à nous faire part de besoins de collaboration à l’adresse covid@math.cnrs.fr.

Vous pouvez retrouver cette lettre et toutes les autres sur notre site.

Transmettre des informations

Les propositions d’informations pour cette lettre peuvent être transmises à adresse de contact avec ajout de la chaîne [lettre] dans le titre. Proposer n’implique pas être publié, être publié n’implique pas recevoir caution scientifique.

Appels à projets

Nous ne reprenons pas les appels à projets précédemment publiés, même s’ils sont encore en cours. Retrouvez tous les appels en cours sur notre site.

Appel RA-Covid-19 de l’ANR

Date limite : 28/10/2020

Un nouvel appel de type recherche-action RA-Covid-19, dédié à des travaux de recherche à court terme (3 à 12 mois), sera ouvert le 15 avril en continu jusqu’au 28 octobre. Il vise à recueillir des projets urgents et rapides dont les résultats pourraient être implémentés en quelques mois dans la société. Les thématiques concernées sont notamment :

  • Les mesures de prévention ;
  • Les traitements, incluant les vaccins ;
  • Les tests grande échelle ;
  • Les études de seroprévalence ;
  • Les rebonds épidémiologiques ;
  • Les stratégies de déconfinement et leur mise en œuvre ;
  • La sortie de crise au niveau sanitaire, économique, environnemental, des relations interpersonnelles, ou des changements sociaux et impacts économiques ;
  • Les initiatives One Health (« une seule santé ») d’approche intégrée, systémique et unifiée de la santé publique, animale et environnementale…

Site de l’appel

Appel AXA : atténuer les risques à la suite de la pandémie de Covid-19

Date limite : 07/05/2020

Le Fonds AXA pour la Recherche souhaite que soient étudiées les conséquences de la pandémie de Covid-19, étudiée une éventuelle deuxième vague, en particulier dans les pays à faible revenu et commencée la préparation de la prochaine crise - qu’elle soit épidémique, climatique ou écologique - tout en apprenant de la crise actuelle. Ce fonds de recherche lance un appel à projets dans les domaines suivants :

  • Protéger les populations vulnérables des épidémies et des catastrophes, y compris Covid-19 : que ce soit les migrants, les établissements informels, les travailleurs de l’économie informelle, les personnes isolées, les personnes handicapées, les personnes âgées ;
  • Améliorer la collecte des données et la qualité de la santé : comment les données et la technologie peuvent-elles nous aider à sortir de la crise, à les comprendre et à les atténuer ? Comment cela peut-il préparer le confinement futur et la lutte contre les épidémies ?
  • Comprendre les effets de l’enfermement et de l’éloignement social : quels sont les effets de l’enfermement et de l’éloignement social sur la société et les ménages ? Quelles sont les conséquences sur la santé mentale ? Les répercussions sociales et domestiques ?
  • Alerte précoce et préparation : comment renforcer notre infrastructure sanitaire et notre écosystème (y compris les dispositifs médicaux et l’approvisionnement en médicaments) pour être mieux préparés et comment protéger nos agents de santé et nos soignants ?
  • Préserver l’environnement et notre santé : liens entre le changement climatique, la perte de biodiversité et l’origine des maladies virales, y compris les dynamiques socio-économiques conduisant à des épidémies de maladies infectieuses et à une crise sanitaire ;
  • Les enseignements de Covid-19 pour atténuer les futures crises liées au climat et à la biodiversité. La préférence sera accordée aux projets ayant une orientation locale et une applicabilité potentielle à l’échelle mondiale.

Point d’attention : les dossiers doivent être portés par des scientifiques en milieu de carrière (thèse+6 à thèse+10), présentés par les institutions et, un seul dossier par département scientifique de l’institution peut être déposé.

Informations

Bibliographie

CORD-19

Base de plus de 29 000 articles scientifiques, dont plus de 13 000 articles en texte intégral, sur la Covid-19, le SARS-CoV-2 et les coronavirus apparentés.

https://covid-nma.com

Sources de données

Nous ne reprenons pas les bases indiquées dans les lettres précédentes et disponibles sur le site https://modcov19.math.cnrs.fr/. Nous vous invitons à nous signaler d’autres sources de données dont vous auriez connaissance et absentes du site. Pour cela, merci de nous contacter à l’adresse covid@math.cnrs.fr en insérant la chaîne [data] dans son sujet.

HealthDataHub

Les données de santé financées par la solidarité nationale constituent un patrimoine commun. La mission du Health Data Hub est de les mettre au service du plus grand nombre dans le respect de l’éthique et des droits fondamentaux des citoyens, grâce à un accès aisé et unifié, transparent et sécurisé. Ne pas hésiter à nous contacter pour des demandes spécifiques.

Données des urgences hospitalières et de SOS médecins relatives à l’épidémie de COVID-19

Quatre fichiers sont proposés :

  • Les données quotidiennes de SOS médecins et des urgences hospitalières par département, sexe et tranche d’âge des patients ;
  • Les données quotidiennes de SOS médecins et des urgences hospitalières par région, sexe et tranches d’âge des patients ;
  • Les données quotidiennes de SOS médecins et des urgences hospitalières à l’échelle de la France, par sexe et tranches d’âge des patients ;
  • Les données hebdomadaires de SOS médecins et des urgences hospitalières par département et par tranches d’âge des patients. Site

Observatoire cartographique de Santé publique France

Santé Publique France produit une liste d’indicateurs sur la Covid-19 (hospitalisations, décès, tests réalisés) disponibles grâce à l’application Géodes et mises à disposition en temps réel.

Site

Données de Santé APHP

L’Entrepôt de Données de Santé de l’APHP contient aujourd’hui les données de plus de 11 millions de patients. Une procédure d’accès simplifiée aux données est proposée.

Site

Insee : nombre de décès quotidiens par département

L’Insee diffuse le nombre de décès par jour et par département. Les décès sont enregistrés dans la commune où ils ont eu lieu. Les statistiques diffusées sont provisoires et actualisées toutes les semaines. Site

Mortalité sur le territoire français

Le Centre d’épidémiologie sur les causes médicales de Décès (CépiDc) est une unité de service en charge pour l’Inserm de la production de la statistique sur les causes médicales de décès. Site

Données de mobilité Google

Données sur les déplacements des personnes qui autorisent l’application Google Map à stocker leurs données, dans différentes catégories d’endroits tels que la vente au détail et les loisirs, les épiceries et les pharmacies, les parcs, les stations de transport en commun, les lieux de travail et les résidences.

Recensement des essais cliniques Covid-19 dans le monde

Le site établit une cartographie en temps réel des recherches en cours, suivie d’une méta-analyse en réseau des résultats des études.

Site

Sondages en cours

Covidnet

Inserm, Sorbonne Université, Santé publique France. Depuis le 30 mars 2020, le projet GrippeNet.fr est devenu COVIDnet.fr. GrippeNet.fr a été mis en place en 2012 avec pour objectif de recueillir directement auprès de la population des données épidémiologiques sur la grippe, par Internet et de façon anonyme. Il permet d’étudier les symptômes présentés par les personnes malades qui n’ont pas recours au système de soins.

Cohorte Constances

Inserm. Le questionnaire Covid-Constances est destiné à recueillir des données essentielles concernant :

  • La situation et l’évolution du nombre de personnes atteintes ;
  • Les conditions du confinement et du respect des mesures barrières ;
  • Les recours au système de santé ;
  • Les réponses apportées dans la prise en charge des malades. Au total, plus de 200 000 volontaires seront contactés dans le cadre de SAPRIS.

Site

Enquête contacts SARS-CoV-2

L’Institut Pasteur met en place une enquête en population afin de recueillir et d’analyser des données concernant les contacts : composition des foyers, quantification des contacts et habitude de vie. Le questionnaire est anonyme.

Site

COVADAPT

Étude des impacts et adaptation effectuée par Human Adaptation Institute en collaboration avec des chercheuses et chercheurs de plusieurs laboratoires et universités : Cermes3, ICM, LIP PC2S-Université Savoie Mont Blanc, Université Paris 2 Panthéon-Assas (Largepa)

Site

Impact psychologique

  • Questionnaire par un groupe de chercheurs et chercheuses de l’université de Toulouse Jean Jaurès ;
  • Questionnaire par un groupe de chercheurs et chercheuses de l’université de Nantes ;
  • Questionnaire par le laboratoire Neuropsychologie cognitive et physiopathologie de la schizophrénie (Inserm, université de Strasbourg).

Covid-Mind Network

Le réseau Covid-Mind vise à mettre en relation des chercheurs et chercheuses travaillant à travers le monde sur l’impact de covid-19 sur la santé mentale. Cette enquête rassemble des informations sur toutes les études longitudinales, y compris les questions sur la santé mentale pendant la pandémie de Covid-19.

Site

MaladieCoronavirus

Cet outil a pour finalité de permettre aux personnes de 15 ans ou plus et à même d’observer et comprendre leurs symptômes de réaliser un premier niveau d’analyse de leur situation. Elles peuvent ainsi être informées sur les options complémentaires à un appel aux services d’urgence, en cas d’exposition au coronavirus de la Covid-19. Une fois les réponses aux questionnaires anonymisées, des données sont séquestrées à des fins d’études épidémiologiques : version du questionnaire, questions présentées, réponses de l’utilisateur anonymisées, résultat final affiché, heure de début du questionnaire, heure d’affichage du résultat final. Les autres informations ne sont pas stockées.

Site

Coronastatus

Cette initiative internationale prétend étudier l’évolution de la pandémie par un questionnaire anonyme composé des questions suivantes : âge, code postal, nombre de personnes dans le lieu de confinement, état général, réalisation ou non d’un test Covid-19.

Site

Événements, conférences à distance, rapports divers

GdT Maths4covid19

Depuis le jeudi 12 mars 2020, un groupe de travail (virtuel) de mathématiciennes et mathématiciens appliqués s’est constitué pour évaluer les modèles qui ont été développés, notamment au LJLL et au LPSM, pour appréhender le problème Covid-19 à toutes ses échelles, allant du comportement moléculaire au niveau de la progression mondiale. Les exposés sont disponibles sur le site dédié.

Canadian Covid-19 Math Modelling Task Force Distinguished Lecture Series

Une visioconférence de Pierre Magal organisée par l’Institut Fields disponible sur le site de l’Institut Fields

EUvsVirus Challenge

24-26 avril

Hackathon paneuropéen pour connecter la société civile, les innovateurs, les partenaires et les acheteurs à travers l’Europe afin de développer des solutions innovantes pour surmonter les défis liés aux coronavirus.

Site

Rapports de l’équipe ETE du MiVEGEC

Rapports à fins pédagogiques réalisés par des modélisateurs et modélisatrices de l’équipe ETE du laboratoire MiVEGEC (CNRS, IRD, Université de Montpellier).

Site

Rapports du MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis

Des rapports régulièrement mis à jour avec des prévisions par pays :

COVprehension

Le collectif COVprehension regroupe plusieurs chercheurs et chercheuses issus de différentes disciplines (informatique, géographie, économie, écologie, mathématiques) et de différentes régions travaillant à la compréhension de l’épidémie. Site