JOLY Émilien (CIMAT) et MALLEIN Bastien (Université Sorbonne Paris Nord)
https://arxiv.org/abs/2012.09096
L’objectif de cet article est de proposer une variante du problème classique de “group testing” correspondant mieux à la problématique actuelle de détection d’échantillons contaminés par les méthodes de PCR. Dans le problème classique, on cherche à détecter des échantillons contaminés en utilisant des tests permettant de détecter l’existence d’un échantillon contaminé dans un groupe d’échantillons.
Dans cette variante, un test permet de mesurer la charge maximale d’un groupe d’échantillon. La charge d’un échantillon non-contaminé est nulle, tandis que la charge de chaque échantillon contaminé est distribuée uniformément sur [0,1]. On construit dans cet article un algorithme non-adaptatif matriciel permettant une économie de test comparable avec celle d’un algorithme à deux étapes optimal pour le problème initial.
On montre ainsi qu’il est possible d’exploiter la valeur mesurée de charge virale dans un test PCR pour optimiser les méthodes de détection groupées d’échantillons contaminés.