DUCHEMIN Louis (Université de Lyon, Université Lyon 1, CNRS, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive UMR 5558), PARIS Mathilde (IGFL, Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon, Université de Lyon, Ecole Normale Supérieure de Lyon, CNRS, Université Claude Bernard Lyon 1, UMR 5242), BOUSSAU Bastien (Université de Lyon, Université Lyon 1, CNRS, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive UMR 5558)
https://doi.org/10.1101/2020.07.06.20147660
L’épidémie de SARS-CoV-2 a eu un lourd bilan en France métropolitaine. Toutes les régions n’ont pas été touchées avec la même intensité, puisque le taux de mortalité dans les régions les plus touchées peut être plusieurs fois supérieur au taux de mortalité des régions les moins touchées. L’épidémie a été ralentie par un confinement qui a duré presque huit semaines, et les Français peuvent désormais voyager entre régions sans aucune restriction. Dans ce manuscrit nous étudions l’effet sur l’épidémie des vacances d’été, durant lesquelles des millions d’individus voyageront entre régions françaises. De plus, nous évaluons l’effet d’une saisonnalité forte ou faible et de plusieurs valeurs du taux de reproduction sur l’épidémie, en particulier sur la date, la hauteur et l’étendue d’une seconde vague. Dans ce but, nous étendons un modèle SEIR pour simuler l’effet de migrations entre régions durant les vacances sur le nombre et la distribution de nouvelles infections. Nous trouvons que le modèle prédit un très faible effet des migrations d’été sur l’épidémie. Cependant, tous les taux de reproduction au-dessus de 1.0 ainsi que les paramètres de saisonnalité que nous avons essayés mènent à une seconde vague épidémique, avec une date du pic qui varie entre Octobre 2020 et Avril 2021. Si les mesures sanitaires aujourd’hui en place parviennent à garder le taux de reproduction en-dessous de 1.0, la seconde vague sera évitée. Si elles maintiennent le taux de reproduction à une valeur faible, par exemple autour de 1.1 comme dans une de nos simulations, la seconde vague est aplatie et pourrait être similaire à la première vague.