DUCHEMIN Louis, VEBER Philippe, BOUSSAU Bastien (Université de Lyon, Université Lyon 1, CNRS, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive UMR 5558, F-69622 Villeurbanne, France).
https://doi.org/10.1101/2020.06.09.20126862
L’épidémie de SARS-CoV-2 en France a eu un des bilans les plus lourds en Europe. Son étude permet d’examiner l’effet du confinement et d’autres événements sur la dynamique de l’épidémie. En particulier, il a été proposé que des élections municipales tenues juste avant le confinement ont pu favoriser l’épidémie. Dans ce manuscrit, nous utilisons des modèles Bayésiens du nombre de morts dans 13 régions métropolitaines pour étudier la progression de l’épidémie. Nous avons observé que les modèles prédisent le nombre de morts 2 à 3 semaines en avance avec précision, et obtiennent des valeurs de paramètres qui sont en accord avec d’autres modèles qui sont basés sur d’autres structures et données. En particulier, le confinement a réduit le taux de reproduction du virus de ≈ 80%. Cependant, en utilisant un modèle de mélange, nous avons trouvé que le modèle de mélange a eu une efficacité variable selon les régions, et qu’il a été un peu plus efficace dans les regions les plus denses. Ce modèle de mélange prédit que 2.08 (95% CI : 1.85-2.47) millions d’individus avaient été infectés au 11 mai, et qu’il y eut 2567 (95% CI : 1781-5182) infections supplémentaires le 10 mai. Nous n’avons pas trouvé de preuve que le taux de reproduction diffère entre le week-end et le reste de la semaine, et pas de preuve que le taux de reproduction a augmenté le jour de l’élection. Finalement, nous avons analysé des scénarios hypothétiques qui montrent qu’avoir commencé le confinement 1 à 7 jours plus tôt aurait occasionné 19% à 76% de morts en moins, mais que le commencer 1 à 7 jours plus tard aurait occasionné 21% à 266% de morts en plus. Nous concluons que les prédictions du modèle indiquent que tenir les élections le 15 mars n’a pas eu d’effet détectable sur le nombre total de morts, sauf si cela a été la cause d’un retard dans la mise en place du confinement.