DANESH Danesh (1), ÉLIE Baptiste (1), MICHALAKIS Yannis (1), SOFONEA Mircea T (1), BAL Antonin (2,3), BEHILLIL Sylvie (4), DESTRAS Grégory (2,3), BOUTOLLEAU David (5), BURREL Sonia Burrel (5), MARCELLIN Anne-Geneviève Marcelin (5), PLANTIER Jean-Christophe (6), THIBAULT Vincent (7), SIMON-LORIERE Étienne (8), VAN DER WERH Sylvie (4), LINA Bruno (2,3), JOSSET Laurence (2,3), ENOUF Vincent (4,9), ALIZON Samuel (1) and the Covid SMIT PSL group

  1. Laboratoire MIVEGEC (UMR CNRS 5290, IRD, UM), Montpellier, France
  2. Laboratoire de Virologie des HCL, Institut des agents Infectieux, Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe), Hôpital de la Croix-Rousse, Lyon, France
  3. CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, (Team VirPath), Univ Lyon, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007, Lyon, France
  4. National Reference Center for Respiratory Viruses, Molecular Genetics of RNA Viruses, CNRS-UMR 3569, The Institut Pasteur, Paris, France
  5. Sorbonne Université, Inserm, Institut Pierre Louis d’Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), APHP, Pitié Salpêtrière Hospital, Department of Virology, Paris, France
  6. Laboratoire de Virologie, CHU Charles Nicolle, Rouen, France
  7. Laboratoire de Virologie, CHU de Rennes, France
  8. Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut Pasteur, Paris, France
  9. Mutualized Platform of Microbiology, Pasteur International Bioresources Network, The Institut Pasteur, Paris, France.

https://doi.org/10.1101/2020.06.03.20119925

Nous analysons les génomes viraux issus de plus de 190 personnes diagnostiquées en France à l’aide d’outils issus de la phylodynamique.

En analysant la structure phylogénétique de l’épidémie, nous montrons l’existence un clade qui regroupe majorité des séquences virales et semble correspondre à la vague épidémique. L’origine de cette dernière est datée à la deuxième quinzaine de janvier, sachant qu’il existe une incertitude importante liée à l’échantillonnage incomplet. De plus, nous analysons aussi la propagation de l’épidémie. Nos estimations de R0 sont cohérentes avec celles de la littérature et nous détectons un ralentissement de l’épidémie au mois de mars cohérent avec la mise en place du confinement national. De plus, nous estimons des durées de périodes infectieuses cohérentes avec les intervalles sériels mesurés dans d’autres pays.

Référence de publication : Peer Community in Evolutionary Biology, 100107. 10.24072/pci.evolbiol.100107