PRAGUE Mélanie (1,2), WITTKOP Linda (1,2,3), CLAIRON Quentin (1,2), DUTARTRE Dan (4), THIÉBAULT Rodolphe (1,2,3), HEJBLUM Boris P. (1,2)
- University of Bordeaux, Inria Bordeaux Sud-Ouest, Inserm, Bordeaux Population Health Research Center, SISTM Team, UMR 1219, F-33000 Bordeaux, France
- Vaccine Research Institute, F-94000 Créteil, France
- CHU Bordeaux, F-33000 Bordeaux, France
- Inria Bordeaux Sud-Ouest, F-33000 Bordeaux, France
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.21.20073536v1
Nous proposons une approche d’inférence en population pour modéliser le début de l’épidémie française de COVID-19 au niveau régional. Nous nous appuyons sur un modèle mécaniste étendu Susceptibles-Exposés-Infectieux-Retirés (SEIR), une représentation simplifiée du processus épidémique moyen. En combinant plusieurs ensembles de données publiques françaises sur les premières dynamiques de l’épidémie, nous estimons les paramètres clés spécifiques de chaque région par l’optimisation SAEM (Stochastic Approximation Expectation Maximization) en utilisant le logiciel Monolix. Nous estimons ainsi les nombre de reproduction de base par région avant l’isolement (entre 2,4 et 3,1), le pourcentage de personnes infectées dans le temps (entre 2,0 et 5,9 % au 11 mai 2020) et l’impact du confinement des ménages sur le taux d’infection (diminution du taux de transmission de 72 % vers un Re compris entre 0,7 et 0,9). Nous concluons qu’une levée du confinement devrait être accompagnée d’autres interventions pour éviter un rebond de l’épidémie.