Éditorial

Deux informations importantes :

Continuez à nous transmettre des nouvelles de vos projets à l'adresse de contact et de nous informer de vos publications (voir la partie « Affichage des publications sur le site MODCOV19 » de cette lettre).

La veille bibliographique MODCOV19

La plateforme MODCOV19 a mis en place une veille bibliographique concernant la modélisation de tous les aspects de l’épidémie de Covid-19. Le but est de proposer un résumé commenté d’une sélection d’articles et de prépublications utiles pour la communauté de recherche en modélisation pour l’épidémie de Covid-19.

Grâce aux identifiants du compte PLM associé à l’adresse mail que vous avez utilisée pour votre inscription à la plateforme ModCov19 (voir la page de support, vous pouvez dès à présent accéder aux premiers de ces résumés sur la page dédiée. Sur cette même page vous trouverez les instructions pour contribuer à la veille bibliographique en devenant rédacteur ou rédactrice si vous le souhaitez.

MODCOV19 n’est pas une plateforme d’acceptation de prépublications, la sélection des articles de la veille bibliographique et les notices sur ces articles ne reflètent que l’appréciation collective du groupe biblio et ne valent en aucun cas caution scientifique.

Afin de diffuser ces résumés au-delà de la communauté des membres de MODCOV19, les résumés commentés pour lesquels les rédacteurs et rédactrices auront donné leur accord seront également mis en ligne sur le site du projet Bibliovid qui regroupe une veille bibliographique couvrant tous les aspects liés à l’épidémie de Covid-19.

Les groupes de travail MODCOV19

Afin de favoriser les échanges au sein de la plateforme MODCOV19, nous lançons un groupe de travail récurrent, sur des thèmes qui pourront varier d’une séance à l’autre. Les membres de la plateforme mais plus largement les collègues intéressés sont bienvenus.

La première séance aura lieu le mardi 9 juin (14h30 à 16h30), sur le calcul et le suivi de $R(t)$. La séance suivante aura lieu le mardi 16 juin (14h30-16h30), sur l’analyse de sensibilité et ses bienfaits.

Les informations de connexion sont disponibles sur la partie « membres » du site MODCOV19 : https://modcov19.math.cnrs.fr/page/projet/gt/

NB. En cas de problème de connexion, contacter l'adresse de support.

Les rencontres suivantes auront lieu plutôt sur un rythme d’une semaine sur deux, toujours le mardi après-midi.

Appels à projets et offres de ressources

Retrouvez tous les appels en cours sur notre site https://modcov19.math.cnrs.fr/.

Évaluation du bénéfice médical et/ou économique des dispositifs médicaux à base d’intelligence artificielle

Date limite : 01/12/2020

L’objectif de cet appel à projet est de soutenir les projets d’évaluation visant à démontrer l’utilité des dispositifs médicaux à base d’intelligence artificielle, les résultats des projets permettant de justifier l’utilisation en pratique du dispositif testé.

Chaque projet retenu fera l’objet d’un soutien financier d’un montant maximum de 500 000 € sous forme de subvention pour une durée de projet comprise entre 12 et 36 mois.

Renseignements

Offre de services de calcul intensif, cloud, stockage

L'unité mixte de service GRICAD localisée sur le site de Grenoble et soutenue par le CNRS, l’UGA, G-INP et INRIA, met ses ressources à disposition des projets autour de la Covid-19. GRICAD offre en particulier des services de calcul intensif, cloud, stockage et accompagne les scientifiques sur les problématiques des données de la recherche et du calcul. Les membres de l’unité apportent depuis le début de la crise sanitaire leur soutien à plusieurs projets en lien avec l’épidémie.

Contacter l’unité : gricad-contact@univ-grenoble-alpes.fr

Appel RA-Covid-19 de l’ANR

Date limite : 28/10/2020

L’appel de type recherche-action RA-Covid-19, dédié à des travaux de recherche à court terme (3 à 12 mois), est ouvert en continu jusqu’au 28 octobre. Il vise à recueillir des projets urgents et rapides dont les résultats pourraient être implémentés en quelques mois dans la société.

Renseignements

Bibliographie et ressources pédagogiques

Synthèse des caractéristiques des modèles de propagation

Une synthèse des caractéristiques des modèles de propagation d’épidémie utilisés dans les (pré)publications signalées à MODCOV19 et affichées sur la page dédiée a été rédigée par l’équipe de coordination. Elle est disponible sur la page des prépublications.

Swiss Medical Weekly

Le Swiss Medical Weekly (journal en accès libres sans redevance de publication) maintient une rubrique très active concernant Covid-19 : https://smw.ch/covid-19

Ressource pédagogique : introduction à la modélisation

Frédéric Hamelin (INRAE) a développé une introduction à la modélisation en épidémiologie par l’exemple de la Covid-19 : http://f.m.hamelin.free.fr/covid-19.html

Sources de données

Nous ne reprenons pas les bases indiquées dans les lettres précédentes et disponibles sur le site.

Nous vous invitons à nous signaler d’autres sources de données dont vous auriez connaissance et qui n’apparaissent pas sur le site. Pour cela, merci de nous contacter à l’adresse [de contact](mailto:covid@math.cnrs.fr ?subject=[data]) en insérant [data] dans son objet.

La liste de diffusion modcov_donnees@math.cnrs.fr est consacrée aux échanges qui concernent les données. Vous pouvez demander à y être abonné à l’adresse [de contact](mailto:covid@math.cnrs.fr ?subject=[data]) en insérant [data] dans son objet.

Conférences à distance

Infectious Dynamics of Pandemics: Mathematical and statistical challenges in understanding the dynamics of infectious disease pandemics

Un séminaire du Newton Institute https://www.newton.ac.uk/event/idphttps://www.newton.ac.uk/event/idpw01/seminars

Exposés passés : https://www.newton.ac.uk/event/idp/seminars

Groupe de travail MODCOV19

Mardi 9 juin de 14h30 à 16h30 : R(t)

  • 14h30 -15h00 : exposé de Pierre-Yves Boëlle (iPLesp, Inserm et Sorbonne Universite)
  • 15h10 -15h30 : exposé de Mircea Sofonea (Universite de Montpellier)
  • 15h30 – 16h30 : ecourts de François Blanquart (CNRS et Collège de France), Tahar Boulmezaoud (UVSQ), Marc Lavielle (Inria Saclay), Olivier Thomine (Epidemap), entrecoupés et suivis de discussions.

Mardi 16 juin de 14h30 à 16h30 : l’analyse de sensibilité et ses vertus

  • 14h30 - 15h : Clémentine Prieur (Université Grenoble Alpes, Laboratoire Jean Kuntzmann)
  • 15h10 - 15h40 : Olivier Le Maître (CNRS, LIMSI)
  • 15h40 – 16h30 : exposés courts de Romuald Elie (Univ Paris-Est, ENSAE), Davide Faranda (CNRS, LSCE), Camille Pouchol (Univ Paris-Descartes, MAP5), entrecoupés et suivis de discussions.

Outils numériques

Mise à jour EpiEstim

Le package EpiEstim pour R offre des outils pour quantifier la transmissibilité tout au long d’une épidémie à partir de l’analyse de séries chronologiques d’incidence comme décrit dans Cori et al. (2013) et Wallinga et Teunis (2004)ISTEX. Il a récemment été mis à jour.

Page du package

Accès aux outils numériques offerts aux membres

L’affectation des droits d’accès aux services numériques et aux pages membres pour le projet Modcov19 se fait à partir des adresses mél abonnées à la liste de diffusion à laquelle cette lettre est envoyée. L’authentification se fait de préférence via la fédération d’identité Éducation Recherche.

Si vous avez un compte dans un établissement qui fait partie de la fédération d’identité, que vous l’utilisez pour vous authentifier et que l’adresse mél fournie par cet établissement est la même que celle avec laquelle vous êtes abonné à la liste de diffusion, vous aurez accès aux services numériques qui ne nécessitent pas la création d’un compte PLM. Vous aurez aussi la possibilité de vous créer un compte PLM afin d’accéder à l’ensemble des services offerts.

Cas particuliers :

  • Vous avez déjà un compte PLM mais il n’est pas associé à l’adresse mél avec laquelle vous êtes inscrit ou inscrite à la liste de diffusion. Vous avez deux possibilités : vous modifiez votre adresse d’abonnement à liste ou vous contactez l'adressee support ;
  • Votre établissement ne fait pas partie de la fédération d’identité, vous devez demander la création d’un compte invité en spécifiant votre adresse mél (celle qui est abonnée à la liste de diffusion) en vous adressant à l'adressee support. Il est important que cette adresse mél soit une adresse institutionnelle ;
  • Votre établissement fait partie de la fédération d’identité, mais l’adresse mél fournie n’est pas celle avec laquelle vous êtes abonnée à la mailing liste. Le mieux est que vous modifiiez votre adresse mél d’abonnement à la mailing liste.

Pour toute demande d’aide, contacter l'adresse support.

Liste des établissements appartenant à la fédération Éducation Recherche.

Affichage des (pré)publications sur le site MODCOV19

L’un des objectifs de la plateforme MODCOV19 est de faciliter l’échange des informations des travaux de modélisation réalisés autour de la Covid-19.

Les projets deviennent réalisations, et la plateforme MODCOV19 vous propose d’afficher vos (pré)publications sur son site.

Sauf exception, nous n’afficherons que les travaux déposés sur un site d’archives ouvertes tels que HAL, medRxiv, arXiv, bioRxiv… ou les travaux publiés.

L’affichage participe de la mise en valeur et du partage de vos travaux. Il illustre plus largement la diversité des travaux réalisés en modélisation en situation de crise épidémique depuis décembre 2019 par la communauté interdisciplinaire française.

Pour que l’initiative soit fructueuse, il est nécessaire que chacun prenne le peu de temps requis pour nous informer. Nous vous en remercions par avance.

Pour envoyer vos travaux, il suffit d’envoyer, pour chaque travail, un message à [covid@math.cnrs.fr](mailto:covid@math.cnrs.fr ?subject=[travaux]) dont l’objet contient [travaux] et dont le corps contient :

  • TITRE
  • AUTEURS sous la forme NOM Prénom (employeur)
  • LIEN VERS LE TRAVAIL
  • COURT RÉSUMÉ SCIENTIFIQUE EN FRANÇAIS (résultats et méthodes utilisées)
  • [SI PUBLIÉS] RÉFÉRENCE DE LA PUBLICATION

De façon très exceptionnelle, nous pourrons faire des liens vers des textes déposés sur des sites personnels hébergés par votre employeur ou une tutelle de votre unité. Il conviendra dans ce cas de justifier le non dépôt sur un site d’archives ouvertes ou pourquoi le texte n’est pas destiné à publication scientifique. Idéalement, lorsque les travaux sont un outil numérique, le document affiché sera un document technique de présentation de l’outil.

Transmettre des informations

Les propositions d’informations pour cette lettre peuvent être transmises à l'adresse contact par un message dont l’objet contient [lettre]. Proposer n’implique pas être publié, être publié n’implique pas recevoir caution scientifique.

Gérer son abonnement à la liste, son affichage sur le site

Apparaître sur le site, partagez vos compétences, informez-nous de vos projets

La page des membres du site recense les compétences et projets de ses membres. Pour apparaître dans ce recensement :

  • Connectez-vous sur le [site d’invitation](../Documents/ADM/INSMI/Communication/2020/Covid/Lettres/docs/ https:/limesurvey-modcov19.math.cnrs.fr/index.php/259138?lang=fr) (https://limesurvey-modcov19.math.cnrs.fr/index.php/259138?lang=fr) ;
  • Entrez une adresse mail ;
  • Vous recevrez à cette adresse un mail de Plateforme MODCOV19 covid@math.cnrs.fr ;
  • Ce mail contient une invitation sous forme de lien, appelé « lien d’invitation » ;
  • Suivez ce lien d’invitation et répondez au questionnaire.

Grâce au lien, vous pouvez modifier les données entrées en reprenant le questionnaire et notamment mettre à jour la description de vos projets.

L’adresse demandée lors des réponses au questionnaire doit être une adresse institutionnelle. Elle n’est pas nécessairement celle donnée pour recevoir le lien d’invitation.

Si vous souhaitez que vos données soient effacées, merci de nous en informer en écrivant à l'adresse contact un message dont l’objet contient [web].

Abonnement à cette lettre

Vous avez souhaité être membre de la plateforme d’expertes et experts en modélisation autour de la Covid-19. À ce titre, vous êtes inscrit ou inscrite à la liste de diffusion de cette lettre.

Pour vous désabonner, envoyez un message à sympa@listes.math.cnrs.fr ayant pour objet unsubscribe modelisation_covid. L’adresse d’expédition doit être l’adresse à désabonner.